Este repositorio contiene los análisis realizados para el cálculo de PBRs para las unidades de stock del Erizo.
Descripción del contenido de la carpeta "codigos_admb"
El código base corresponde a un Modelo de Captura a la talla ("Modbento") creado por [email protected]. Los códigos utilizados para este estudio corresponde a una modificación del "Modbento". Esta modificación es realizada por [email protected] y [email protected] se detallará a continuación.
Contiene los códigos de ADMB principalmente MAET.tpl y MAET.dat del modelo de evaluación de stock de erizo de la zona X Norte (MAETXN) , X Sur (MAETXS) y XI (MAETXI).
Los modelos corresponden a modelos anuales (año calendario) con dinámica a la edad e información en tallas (utiliza matriz de probabilidad edad_talla).
Los principales datos que ingresan al modelo corresponden a los desembarques, CPUE y frecuencia de tallas de la flota. Utiliza un vector de pesos medios a la talla, madurez a la talla, y parámetros de crecimiento y mortalidad natural.
CARPETAS:
- codigos_admb
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código fuente (.tpl)
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datos y controles (.dat)
- funciones
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Fn_Retrospectivo.R = Retrospectivo (genera la carpeta con archivos admb)
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functions.R = lisread (función que lee archivo ".dat") y reptoRlist (función que lee archivo ".rep")
Códigos en Rmarkdown
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Informe_Estatus_Erizo_word.Rmd = corresponde al informe de estatus del las tres unidades de stock del erizo que debe ser entregado entre diciembre y enero.
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Erizo.Rmd = contendrá los análisis exploratorios y cálculo de PBRs
Archivos:
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Informe_Estatus_Erizo_word.docx = es la salida del código .Rmd con el mismo nombre
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TemplateWord_Erizo.docx = es utilizado en el código "Informe_Estatus_Erizo_word.Rmd" para darle el formato deseado (tipo de letra, títulos, etc).
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Readme_codADMB.pdf = se describen los archivos de datos y controles (.dat), reporte (.rep), el código fuente (.tpl), los parámetros estimados por el modelo (.par) y parámetros y variables estimadas con error (.std).