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title: "Readme_admb"
output: pdf_document
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# Descripción del archivo de datos y controles (.dat)
***DATOS DE ENTRADA***
+--------------+----------------------------------------------------------------------------------+
| | Descripción de números, índices, vectores, matrices |
+==============+==================================================================================+
| nanos | número de años |
+--------------+----------------------------------------------------------------------------------+
| nedades | número de edades a modelar |
+--------------+----------------------------------------------------------------------------------+
| edad\_min | edad mínima |
+--------------+----------------------------------------------------------------------------------+
| ntallas | número de clases/grupos de tallas |
+--------------+----------------------------------------------------------------------------------+
| Ind | matriz de datos , desembarques, cv\_desem, CPUE, cv\_cpue, nm(tamaño de muestra) |
+--------------+----------------------------------------------------------------------------------+
| Tallas | vector de tallas (clases/grupos de tallas) |
+--------------+----------------------------------------------------------------------------------+
| Frec\_Tallas | matriz de frecuencia de tallas para los años de estudio |
+--------------+----------------------------------------------------------------------------------+
| Madurez | vector de madurez a la talla |
+--------------+----------------------------------------------------------------------------------+
| Wmed | vector de pesos medios a la talla |
+--------------+----------------------------------------------------------------------------------+
***PARÁMETROS HISTORIA DE VIDA***
+--------------------+----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
| | Descripción de números, índices, vectores, matrices |
+====================+==================================================================================================================================+
| sigmaR | Coeficiente de variación de los reclutamientos |
+--------------------+----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
| dts | dt desove NOVIEMBRE (Arias et al 1995 y Bay y Schmith (1981) y dt CPUE (Concentracion de la captura durante el año MES DE JULIO) |
+--------------------+----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
| Loo\_k\_Lo\_cv\_M | Parámetros de crecimiento y mortalidad natural |
| | |
| | Loo k Lo(mm) cv(edad) M |
+--------------------+----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
| h | h (pendiente de la relación S-R) |
+--------------------+----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------+
***PARAMETROS DE SELECTIVIDAD Y CAPTURABILIDAD***
+-----------------------+--------------------------------------------------------------+
| | Descripción de números, índices, vectores, matrices |
+=======================+==============================================================+
| hiper\_estabilidad\_q | coeficiente de hiper estabilidad de la CPUE (1=proporcional) |
+-----------------------+--------------------------------------------------------------+
| Sel\_A50\_rango | A50 y rango (A50= edad primera captura) |
+-----------------------+--------------------------------------------------------------+
| nbloquesSel | Número de bloques de selectividad |
+-----------------------+--------------------------------------------------------------+
| ybloquesSel | años de inicio de cada bloque de selectividad |
+-----------------------+--------------------------------------------------------------+
| nbloquesq | Número de bloques de capturabilidad |
+-----------------------+--------------------------------------------------------------+
| ybloquesq | años de inicio de cada bloque de capturabilidad |
+-----------------------+--------------------------------------------------------------+
***FASES DE ESTIMACION DE PARAMETROS (valores negativos = no se estiman)***
+------------------------+---------------------------------------------------------------+
| Col1 | Col2 |
+========================+===============================================================+
| Fase\_q | Estimacion del coeficiente de capturabilidad q (CPUE=q\*B\^b) |
+------------------------+---------------------------------------------------------------+
| Fase\_hiperestabilidad | Estimacion parámetro de hiper estabilidad (b) de la CPUE |
+------------------------+---------------------------------------------------------------+
| Fase\_selectividad | Estimacion de la selectividad |
+------------------------+---------------------------------------------------------------+
| Opt\_seldomo | opción selectividad tipo domo |
+------------------------+---------------------------------------------------------------+
| Fase\_Lo | Estimacion de Lo |
+------------------------+---------------------------------------------------------------+
| Fase\_cvLo | Estimación cv(talla-edad) |
+------------------------+---------------------------------------------------------------+
| Fase\_F | Estimación de la mortalidad por pesca |
+------------------------+---------------------------------------------------------------+
| Fase\_desvRt | Estimacion variación anual de reclutamientos |
+------------------------+---------------------------------------------------------------+
| Fase\_No | Estimacion condición inicial (si es \<0 esta en equilibrio) |
+------------------------+---------------------------------------------------------------+
***PROYECCION DE LA POBLACION***
+-----------+------------------------------------------------------------------------------+
| Col1 | Col2 |
+===========+==============================================================================+
| nmF | número de multiplicadores de F |
+-----------+------------------------------------------------------------------------------+
| mF | multiplicadores de F |
+-----------+------------------------------------------------------------------------------+
| nproy | número de años a proyectar |
+-----------+------------------------------------------------------------------------------+
| opt\_FRMS | opción para utilizar Frms estimado por fuera (\>0 activado, \<0 desactivado) |
+-----------+------------------------------------------------------------------------------+
| FRMS | Frms estimado por fuera del modelo admb |
+-----------+------------------------------------------------------------------------------+
\pagebreak
# Descripción del archivo de report (.rep)
***REPORT\_SECTION***
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| .rep | .tpl | Descripción |
+==============+==============+==============================================================================================+
| years | yrs | vector de años |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| CPUE\_obs | CPUE | vector de CPUE observado (dato de entrada) |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| CPUE\_pred | pred\_CPUE | vector de CPUE estimado por el modelo de evalStock MAET |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| Desemb\_obs | Desemb | vector de Desembarque observado (dato de entrada) |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| Desemb\_pred | pred\_Desemb | vector de Desembarques estimado por el modelo de evalStock MAET |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| Lmed\_obs | Lmed\_obs | vector de tallas medias de la proporción de tallas observadas (datos de entrada) |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| Lmed\_pred | Lmed\_pred | vector de tallas medias de la proporción de tallas estimadas por el modelo de evalStock MAET |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| BD | BD | vector de Biomasa desovante estimada por el modelo de evalStock MAET (variable) |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| BT | BT | vector de Biomasa total estimada por el modelo de evalStock MAET (variable) |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| BV | BMflo | vector de Biomasa vulnerable a la flota estimada por el modelo de evalStock MAET (variable) |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| R\_pred | Rpred | vector de Reclutamiento predicho por la relación stock recluta??? |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| R\_Est | column(N,1) | vector de Reclutamiento estimado ??? |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| F | exp(log\_F) | vector de la mortalidad por pesca estimada por el modelo de evalStock MAET (parámetros) |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| Edades | edades | vector de edades (indicador) |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| N | N | matriz de abundancia a la edad |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| Sel\_f | Sel | matriz de selectividad de la flota a la edad |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| pobs | pobs | matriz de proporción de tallas observadas (dato entrada) |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| ppred | ppred | matriz de proporción de tallas estimadas por el modelo de evalStock MAET |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| Tallas | Tallas | vector de tallas (indicador) |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| Prob\_talla | Prob\_talla | (matriz de probabilidad edad\_talla) estimada por el modelo de evalStock MAET |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| BDo | SSBo | biomasa desovante virginal (número) estimada de la relación stock-recluta??? |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| Lmed | mu\_edad | vector de talla media a la edad utilizada para el cálculo de probabilidad edad\_talla |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+
| likeval | likeval | vector de verosimilitud |
+--------------+--------------+----------------------------------------------------------------------------------------------+