add more phage families

chanzuckerberg · May 6, 2024 · 9bee2f5 · 9bee2f5
1 parent 15c9556
commit 9bee2f5
Showing 1 changed file with 66 additions and 0 deletions.
diff --git a/workflows/index-generation/generate_lineage_csvs.py b/workflows/index-generation/generate_lineage_csvs.py
@@ -44,9 +44,17 @@
 # listed here: https://en.wikipedia.org/wiki/Bacteriophage
 PHAGE_FAMILIES_NAMES = {
     'Ackermannviridae',
+    'Aggregaviridae',
+    'Ahpuchviridae',
+    'Aliceevansviridae',
     'Ampullaviridae',
+    'Anaerodiviridae',
     'Andrewesvirinae',
+    'Aoguangviridae',
+    'Arenbergviridae',
+    'Armatusviridae',
     'Arquatrovirinae',
+    'Assiduviridae',
     'Atkinsviridae',
     'Autographiviridae',
     'Autolykiviridae',
@@ -57,77 +65,135 @@
     'Blumeviridae',
     'Boydwoodruffvirinae',
     'Bronfenbrennervirinae',
+    'Casjensviridae',
     'Ceeclamvirinae',
     'Chaseviridae',
     'Chebruvirinae',
+    'Chimalliviridae',
     'Clavaviridae',
+    'Clermontviridae',
     'Corticoviridae',
+    'Crevaviridae',
     'Cystoviridae',
     'Dclasvirinae',
     'Deejayvirinae',
     'Demerecviridae',
     'Dolichocephalovirinae',
     'Drexlerviridae',
+    'Druskaviridae',
     'Duinviridae',
+    'Duneviridae',
     'Eekayvirinae',
+    'Ekchuahviridae',
     'Eucampyvirinae',
+    'Fervensviridae',
     'Fiersviridae',
     'Finnlakeviridae',
+    'Forsetiviridae',
+    'Fredfastierviridae',
     'Fuselloviridae',
     'Gclasvirinae',
     'Globuloviridae',
     'Gochnauervirinae',
     'Gorgonvirinae',
+    'Graaviviridae',
     'Gracegardnervirinae',
+    'Grimontviridae',
+    'Guelinviridae',
     'Guenliviridae',
     'Guernseyvirinae',
     'Gutmannvirinae',
     'Guttaviridae',
+    'Hafunaviridae',
+    'Haloferuviridae',
+    'Halomagnusviridae',
     'Halspiviridae',
+    'Helgolandviridae',
     'Hendrixvirinae',
     'Herelleviridae',
     'Inoviridae',
+    'Intestiviridae',
+    'Kairosviridae',
     'Kantovirinae',
+    'Kleczkowskaviridae',
+    'Konodaiviridae',
+    'Kyanoviridae',
     'Langleyhallvirinae',
+    'Leisingerviridae',
     'Leviviridae',
     'Lipothrixviridae',
+    'Lutetiaviridae',
+    'Madisaviridae',
+    'Madridviridae',
     'Matshushitaviridae',
+    'Matsushitaviridae',
     'Mccleskeyvirinae',
+    'Mesyanzhinovviridae',
     'Microviridae',
+    'Molycolviridae',
     'Myoviridae',
+    'Naomviridae',
     'Nclasvirinae',
     'Nymbaxtervirinae',
+    'Orlajensenviridae',
     'Ounavirinae',
+    'Pachyviridae',
     'Paulinoviridae',
     'Pclasvirinae',
+    'Peduoviridae',
+    'Pervagoviridae',
+    'Pigerviridae',
     'Plasmaviridae',
     'Plectroviridae',
     'Pleolipoviridae',
     'Podoviridae',
+    'Pootjesviridae',
     'Portogloboviridae',
+    'Pungoviridae',
+    'Pyrstoviridae',
     'Queuovirinae',
     'Rountreeviridae',
     'Rudiviridae',
     'Ruthgordonvirinae',
+    'Saffermanviridae',
     'Salasmaviridae',
+    'Saparoviridae',
     'Schitoviridae',
     'Sepvirinae',
+    'Shortaselviridae',
     'Simuloviridae',
     'Siphoviridae',
     'Skryabinvirinae',
+    'Soleiviridae',
     'Solspiviridae',
+    'Speroviridae',
     'Sphaerolipoviridae',
     'Spiraviridae',
+    'Stanwilliamsviridae',
+    'Steigviridae',
     'Steitzviridae',
     'Stephanstirmvirinae',
+    'Straboviridae',
+    'Suolaviridae',
+    'Suoliviridae',
     'Tectiviridae',
     'Thaspiviridae',
+    'Toyamaviridae',
     'Trabyvirinae',
     'Tristromaviridae',
     'Turriviridae',
     'Tybeckvirinae',
+    'Umezonoviridae',
+    'Ungulaviridae',
     'Vequintavirinae',
+    'Verdandiviridae',
+    'Vertoviridae',
+    'Vilmaviridae',
     'Weiservirinae',
+    'Winoviridae',
+    'Yangangviridae',
+    'Yanlukaviridae',
+    'Zierdtviridae',
     'Zobellviridae',
  }