Ссылка на колаб
Ссылка на условия
| Клеточная линия | Гистоновая метка | Реплика 1 | Реплика 2 | Контрольный эксперимент |
|---|---|---|---|---|
| A549 | H3K4me2 | ENCFF507YIE | ENCFF826KAA | ENCFF232NPZ |
-
Отчеты Fastqc
При анализе Fastqc подрезание прочтений и фильтрация не потребовалось, так как большинство разделов в Summary отмечены, как корректно выполненные.
-
Summary
ENCFF507YIE ENCFF826KAA ENCFF232NPZ 
Вывод: Из данных таблиечк можем сделать вывод, что большинство анализов проведены корректно.
-
Basic statistics
ENCFF507YIE ENCFF826KAA ENCFF232NPZ 
Вывод: В данных таблицах представлена базовая информация FASTQ файле. На мой взгляд информативными показателями являются: общее количество чтений, длина чтения и содержание GC.
-
Per tile sequence quality
ENCFF507YIE ENCFF826KAA ENCFF232NPZ 
Вывод: Данные графики позволяют посмотреть на средние показатели качества по всем данным, чтобы увидеть, не было ли потери качества, связанного только с одной частью. Можно заметить, что результаты во всех трех экспериментах, включая контрольный, оказались практически идеальными. Отличается от других лишь второй график (образец ENCFF826KAA), на котором видно несколько светлых частей, сигнализирующих о том, что в данных позициях качество было на уровне или выше среднего. Однако все значения в пределах нормы, большой потери качества не наблюдается.
-
Per base sequence content
ENCFF507YIE ENCFF826KAA ENCFF232NPZ 
Вывод: Можем заметить, что уровень Аденина(А), Гуанина(G), Цитозина(C), Тимина(T) остается на одном уровне, причем азотистые основания разбились на две группы тимин, аденин и цитозин, гуанин. Данное наблюдение прослеживается на всех трех графиках и свидетельствует о нормальных (не аномальных) значениях показателей.
-
Per sequence GC content
ENCFF507YIE ENCFF826KAA ENCFF232NPZ 
Вывод: Исходя из трех скриншотов, видно, что на третьем графике кривые похожи на нормально распредление, где среднее значение соотвествует среднему содержанию GC в секвинируемом огранизме. Для первых двух скриншотов, можно же заметить, что их распредление откличается от нормального, в связи с чем в таблице Summary напротив данного параметра мы наблюдаем восклицательный знак, сигнализирующий о возможных проблемах при данном анализе.
- Таблица со статистикой по каждому из 3 образцов
| Образец | Всего ридов | Выровнилось уникально | Выровнилось уникально(%) | Выровнилось неуникально | Выровнилось неуникально(%) | Не выровнилось | Не выровнилось(%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ENCFF507YIE | 45551674 | 1278836 | 2.81% | 4569570 | 10.03% | 39703268 | 87.16% |
| ENCFF826KAA | 46522698 | 1129018 | 2.43% | 3765869 | 8.09% | 41627811 | 89.48% |
| ENCFF232NPZ | 26282868 | 865880 | 3.29% | 3363247 | 12.80% | 22053741 | 83.91% |
Вывод: Процент выравниваний получился низким, так как выравнивание ридов производилось на одну хромосому, которая составляет небольшую часть генома человека.
- Диаграммы Венна
-
Для образца ENCFF507YIE
Количество участков из файла для ENCFF507YIE, которые пересекаются с файлом для ENCFF806AQL Количество участков из файла для ENCFF806AQL, которые пересекаются с файлом для ENCFF507YIE 
-
Для образца ENCFF826KAA
Количество участков из файла для ENCFF826KAA, которые пересекаются с файлом для ENCFF806AQL Количество участков из файла для ENCFF806AQL, которые пересекаются с файлом для ENCFF826KAA 
Наблюдение: исходя из диаграмм видно, что количество пересекающихся учатсков относительно небольшое. Скорее всего это произошло из-за того, что изначально у нас было относительно не большое количество пиков, так как выравнивание производилось только на одну хромосому. Для файла ENCFF806AQL, взятого из ENCODE, количество пиков же гораздо больше, в связи с выравниванием на все хромосомы. Можно также заметить, что пересечения на двух графиках в одной таблице не совпадают, в силу того как было опредлено пересечение (количество пиков из одного файла, которые есть во втором файле != количеству пиков из второго файла, которые есть во первом).
-
Бонусная часть Хитмэпы для bam файлов и соотвествующих им .bigWig файлов
ngs.plot для ENCFF066HKS.bam ngs.plot для ENCFF346XTR.bam 
Наблюдение: Полученные графики для .bam файлов похожи на типичное расположение гистоновой метки относительно генов. Однако кажется что наш график немного смещен влевую сторону, то есть видно что вначале график претерпевает резкий рост, а затем претерпевает более плавный спад, в то время как на графике с типичным расположением рост и спад более плавные и почти одинаковые. Таким образом, теоретическое расположения гистоновой метки относительно генов отличается от полученного результата.