Wolf Eiserhardt ([email protected]) og Laura Kragh Frederiksen ([email protected]), 9.-10. 9. 2024
Linjer der er markeret med grå baggrund skal kopieres og køres i R-studio. Det bliver demonstreret under øvelsen hvordan man kører funktioner i R-studio.
-
Lav en mappe (f.eks. på desktop). Folderens navn er uden betydning.
-
Gem datasettet i mappen som data.phy.
-
Lav et nyt R-skript i R-studio (det bliver demonstreret under øvelsen hvordan man gør) og gem det i din mappe. Kald den analyse.R.
-
Installer R-pakken "phangorn". "Pakker" er samlinger af små funktioner til forskellige formål; Phangorn indeholder funktioner til fylogenetisk rekonstruktion (læs mere her).
install.packages("phangorn")
library(phangorn)-
Sørg for, at R-studio leder efter dit dataset i den samme mappe, hvor R-skriptet ligger: vælg "Session", "Set Working Directory", "To Source File Location" I menuen.
-
Tjek, om den rigtige mappe er valgt:
getwd()- Indlæs datasættet:
data <- read.phyDat("data.phy", type="USER", levels=c(1,0))- Find det korteste træ vha. "parsimony ratchet" (Nixon, 1999), en effektiv søgestrategi:
tree <- pratchet(data = data)- Definer outgroup og dermed træets rod:
tree <- root.phylo(tree, "outgroup", resolve.root = TRUE)- Tegn træet:
plot(tree, root.edge = TRUE)