チュートリアル：OCI HPCテクニカルTips集

カテゴリ：OCI HPCポータル
更新内容："Slurm環境での利用を前提とするUCX通信フレームワークベースのOpenMPI構築方法"でUCXをソースからビルドする方法に変更・ソフトウェアを最新にアップデート、"Slurmによるリソース管理・ジョブ管理システム構築方法"のソフトウェアを最新にアップデート、これらに伴う修正及び誤記訂正・軽微な修正

_pages/hpc.md

@@ -415,11 +415,12 @@ HPC/機械学習ワークロードを実行する際に有益なテクニカル
 
 ## 3-5. ソフトウェア環境
 
-- **[Slurm環境での利用を前提とするOpenMPI構築方法](/ocitutorials/hpc/tech-knowhow/build-openmpi/)**
+- **[Slurm環境での利用を前提とするUCX通信フレームワークベースのOpenMPI構築方法](/ocitutorials/hpc/tech-knowhow/uild-openmpi/)**
 
     **[OpenMPI](https://www.open-mpi.org/)** は、最新のMPI言語規格に準拠し、HPC/機械学習ワークロード実行に必要とされる様々な機能を備えたオープンソースのMPI実装です。  
     **OpenMPI** で作成したアプリケーションのHPC/GPUクラスタに於ける実行は、計算リソース有効利用の観点から通常ジョブスケジューラを介したバッチジョブとして行いますが、ジョブスケジューラが **[Slurm](https://slurm.schedmd.com/)** の場合、 **[PMIx](https://pmix.github.io/)** を使用することでMPIアプリケーションの起動や通信初期化のスケーラビリティを向上させることが可能です。  
-    本テクニカルTipsは、 **PMIx** を使用する **Slurm** 環境での利用を前提とする **OpenMPI** 構築方法を解説します。
+    また **[UCX](https://openucx.org/)** は、 **OpenMPI** が **[クラスタ・ネットワーク](/ocitutorials/hpc/#5-1-クラスタネットワーク)** を利用して高帯域・低遅延のMPIプロセス間通信を実現するために欠かせない通信フレームワークです。  
+    本テクニカルTipsは、 **PMIx** を使用する **Slurm** 環境で通信フレームワークに **UCX** の使用を前提とする **OpenMPI** 構築方法を解説します。
 
 - **[Slurmによるリソース管理・ジョブ管理システム構築方法](/ocitutorials/hpc/tech-knowhow/setup-slurm-cluster/)**
 

tutorials/_hpc/benchmark/bios-setting.md

@@ -1,17 +1,13 @@
 ---
 title: "パフォーマンスに関連するベアメタルインスタンスのBIOS設定方法"
-excerpt: "OCIのベアメタルインスタンスは、デプロイする際にBIOSの設定を指定することが可能です。これらの設定は、NPS（NUMA nodes per socket）やSMT（Simultanious Multi Threading）といった、当該インスタンスの性能に影響するものが少なくありません。本パフォーマンス関連Tipsは、これらのBIOS設定を指定してHPC/GPUクラスタを構築する方法を解説します。"
+excerpt: "ベアメタルインスタンスは、デプロイする際にBIOSの設定を指定することが可能です。これらの設定は、NPS（NUMA nodes per socket）やSMT（Simultanious Multi Threading）といった、当該インスタンスの性能に影響するものが少なくありません。本パフォーマンス関連Tipsは、これらのBIOS設定を指定してHPC/GPUクラスタを構築する方法を解説します。"
 order: "221"
 layout: single
 header:
   overlay_filter: rgba(34, 66, 55, 0.7)
 #link: https://community.oracle.com/tech/welcome/discussion/4474261/
 ---
 
-ベアメタルインスタンスは、デプロイする際にBIOSの設定を指定することが可能です。  
-これらの設定は、 **NPS**（NUMA nodes per socket）や **SMT**（Simultanious Multi Threading）といった、当該インスタンスの性能に影響するものが少なくありません。  
-本パフォーマンス関連Tipsは、これらのBIOS設定を指定してHPC/GPUクラスタを構築する方法を解説します。
-
 ***
 # 0. 概要
 

tutorials/_hpc/benchmark/run-imb.md

@@ -49,7 +49,7 @@ header:
 
 ## 1-1. OpenMPIインストール  
 
-**[OCI HPCテクニカルTips集](/ocitutorials/hpc/#3-oci-hpcテクニカルtips集)** の **[Slurm環境での利用を前提とするOpenMPI構築方法](/ocitutorials/hpc/tech-knowhow/build-openmpi/)** に従い、  **Intel MPI Benchmarks** を実行する全てのノードに **OpenMPI** をインストールします。
+**[OCI HPCテクニカルTips集](/ocitutorials/hpc/#3-oci-hpcテクニカルtips集)** の **[Slurm環境での利用を前提とするUCX通信フレームワークベースのOpenMPI構築方法](/ocitutorials/hpc/tech-knowhow/build-openmpi/)** に従い、  **Intel MPI Benchmarks** を実行する全てのノードに **OpenMPI** をインストールします。
 
 ## 1-2. Intel MPI Benchmarksインストール
 
@@ -59,9 +59,9 @@ header:
 ```sh
 $ cd ~; wget https://github.com/intel/mpi-benchmarks/archive/refs/tags/IMB-v2021.7.tar.gz
 $ tar -xvf ./IMB-v2021.7.tar.gz
-$ cd mpi-benchmarks-IMB-v2021.7; export CXX=/opt/openmpi-5.0.3/bin/mpicxx; export CC=/opt/openmpi-5.0.3/bin/mpicc; make -j 36 all
-$ sudo mkdir -p /opt/openmpi-5.0.3/tests/imb
-$ sudo cp ./IMB* /opt/openmpi-5.0.3/tests/imb/
+$ cd mpi-benchmarks-IMB-v2021.7; export CXX=/opt/openmpi-5.0.6/bin/mpicxx; export CC=/opt/openmpi-5.0.6/bin/mpicc; make -j 36 all
+$ sudo mkdir -p /opt/openmpi-5.0.6/tests/imb
+$ sudo cp ./IMB* /opt/openmpi-5.0.6/tests/imb/
 ```
 
 ## 1-3. Intel MPI Benchmarks実行
@@ -70,7 +70,7 @@ $ sudo cp ./IMB* /opt/openmpi-5.0.3/tests/imb/
 ここでは、2ノードを使用したPingPongをメッセージサイズ0バイトと256 MiBで計測し、レイテンシは0バイトメッセージの所要時間（ここでは1.66 usec）、帯域幅は256 MiBメッセージの帯域幅（12,225.03 MB/s）を以ってその結果とします。
 
 ```sh
-$ mpirun -n 2 -N 1 -hostfile ~/hostlist.txt -x UCX_NET_DEVICES=mlx5_2:1 /opt/openmpi-5.0.3/tests/imb/IMB-MPI1 -msglog 28:28 pingpong
+$ mpirun -n 2 -N 1 -hostfile ~/hostlist.txt -x UCX_NET_DEVICES=mlx5_2:1 /opt/openmpi-5.0.6/tests/imb/IMB-MPI1 -msglog 28:28 pingpong
 #----------------------------------------------------------------
 #    Intel(R) MPI Benchmarks 2021.7, MPI-1 part
 #----------------------------------------------------------------
@@ -118,7 +118,7 @@ $
 ここでは、4ノード144プロセス（ノードあたり36プロセス）を使用したAllreduceの所要時間をメッセージサイズ256 MiBで計測しています。
 
 ```sh
-$ mpirun -n 144 -N 36 -hostfile ~/hostlist.txt -x UCX_NET_DEVICES=mlx5_2:1 /opt/openmpi-5.0.3/tests/imb/IMB-MPI1 -msglog 28:28 -npmin 144 allreduce
+$ mpirun -n 144 -N 36 -hostfile ~/hostlist.txt -x UCX_NET_DEVICES=mlx5_2:1 /opt/openmpi-5.0.6/tests/imb/IMB-MPI1 -msglog 28:28 -npmin 144 allreduce
 #----------------------------------------------------------------
 #    Intel(R) MPI Benchmarks 2021.7, MPI-1 part
 #----------------------------------------------------------------

tutorials/_hpc/benchmark/stop-unused-service.md

@@ -15,7 +15,7 @@ HPCワークロードの高並列実行に於けるスケーラビリティは
 ただこの場合、停止しようとするサービスは、以下の観点で事前に精査する必要があります。
 
 - 使用するリソースがどの程度か
-- 提供する機能が不要かどうか
+- 提供する機能が不要か
 
 これらの調査を経て停止するサービスを特定したら、対象のサービスを停止し、HPCワークロードを実行します。
 

tutorials/_hpc/spinup-cluster-network.md

@@ -36,7 +36,7 @@ header:
 
 なおこの **仮想クラウド・ネットワーク** は、既存のものを使用することが可能です。  
 ただしこの場合、計算ノードが接続するサブネットは、 **[クラスタ・ネットワーク](/ocitutorials/hpc/#5-1-クラスタネットワーク)** 接続に使用する **[Oracle Cloud Agent](https://docs.oracle.com/ja-jp/iaas/Content/Compute/Tasks/manage-plugins.htm)** HPCプラグインの動作条件を満たしている必要があります。  
-この詳細は、 **[OCI HPCテクニカルTips集](/ocitutorials/hpc/#3-oci-hpcテクニカルtips集)** の **[クラスタネットワーキングイメージを使ったクラスタ・ネットワーク接続方法](/ocitutorials/hpc/tech-knowhow/howto-connect-clusternetwork/)** の **[1-2. 接続サブネットのOCA HPCプラグイン動作条件充足確認](/ocitutorials/hpc/tech-knowhow/howto-connect-clusternetwork/#1-2-接続サブネットのoca-hpcプラグイン動作条件充足確認)** を参照してください。
+この詳細は、 **[OCI HPCテクニカルTips集](/ocitutorials/hpc/#3-oci-hpcテクニカルtips集)** の **[クラスタネットワーキングイメージを使ったクラスタ・ネットワーク接続方法](/ocitutorials/hpc/tech-knowhow/howto-connect-clusternetwork/)** の **[1-2. 接続サブネットの動作条件充足確認](/ocitutorials/hpc/tech-knowhow/howto-connect-clusternetwork/#1-2-接続サブネットの動作条件充足確認)** を参照してください。
 
 ## 1-1. 仮想クラウド・ネットワーク作成