feat(catalogue): extend Resources table to accomodate description of samples collected next to the data #4681
Conversation
mswertz
changed the title
There was a problem hiding this comment.
paar kleine vraagjes, maar ik denk dat ik antwoord al weet: dit is voor mogelijk maken de directory data op te nemen. Op basis daarvan de titel aangepast, klopt dat?
Wbt de samples en imaging heb ik dan niet snel zorgen, wel als het gaat om de data dat we er snel tegenaan lopen meerdere data beschrijvingen te hebben. Daar zou ik dan nog even kritisch naar willen kijken, of dingen niet gemapped/gemerged kunnen worden naar bestaande coderingen.
Ja, in de titel van het issue had ik het wel duidelijk staan. Mijn idee is om dit als een soort demo (met data) te hebben en dat we het dan in de groep kunnen bespreken om te zien wat voor bezwaren er zijn. |
| @@ -0,0 +1,8 @@ | |||
| tableName,tableExtends,tableType,columnName,columnType,key,required,refSchema,refTable,refLink,refBack,refLabel,defaultValue,validation,visible,computed,semantics,profiles,label,description | |||
| @@ -67,6 +69,9 @@ Resources,,people involved,refback,,,,Contacts,,resource,,http://www.w3.org/ns/d | |||
| Resources,,organisations involved,refback,,,,Organisations,,resource,,"http://purl.org/dc/terms/publisher,http://purl.org/dc/terms/creator",Organisations involved and their role(s),"DataCatalogueFlat,EMA,CohortsStaging,RWEStaging,UMCGCohortsStaging,NetworksStaging,UMCUCohorts,INTEGRATE" | |||
| Resources,,networks involved,refback,,,,Resources,,resources,,,The consortia or networks that this resource is part of,"DataCatalogueFlat,EMA" | |||
| Resources,,networks other,text,,,,,,,,,List the names of any other networks that are not listed and this resource is involved in,EMA | |||
| Resources,,"available data, imaging and samples,heading",,,,,,,,,,Data model and contents,"DataCatalogueFlat,EMA,RWEStaging,CohortsStaging,UMCGCohortsStaging" | |||
| Resources,,data categories,ontology_array,,,CatalogueOntologies,Data categories,,,,http://www.w3.org/ns/dcat#theme,Types of data collected in this resource,"DataCatalogueFlat,CohortsStaging" | |||
| Resources,,number of samples,int,,,,,,,,,Total number of samples included in this resource,"DataCatalogueFlat,CohortsStaging" | |||
| Resources,,available data and samples,heading,,,,,,,,,Data model and contents,"DataCatalogueFlat,EMA,RWEStaging,CohortsStaging" | |||
There was a problem hiding this comment.
zit deze heading er nu 2x in? Is dat handig? op regel 72 en 75 is nu min of meer hetzelfde. Voorstel samenvoegen en hernoemen? Of zie je dat anders?
| @@ -86,6 +91,11 @@ Resources,,diagnosis medical event vocabulary other,text,,,,,,,,,"If 'other', wh | |||
| Resources,,data dictionary available,bool,,,,,,,,,Are a data dictionary and a data model available?,"DataCatalogueFlat,RWEStaging" | |||
| Resources,,disease details,ontology_array,,,CatalogueOntologies,MedDRA,,,,,"If data on a specific disease is collected, which diseases does the data source collect information on","DataCatalogueFlat,EMA,RWEStaging" | |||
| Resources,,disease details other,text,,,,,,,,,Specify disease details if not present in MedDRA,EMA | |||
| Resources,,biospecimen types,ontology_array,,,CatalogueOntologies,BiospecimenType,,,,,"If the data bank contains biospecimens, what types of specimen","DataCatalogueFlat,CohortsStaging" | |||
There was a problem hiding this comment.
is biospecimen types niet hetzelfde als material types? Of hebben we die alleen op collection event? In any case graag gelijk houden.
| @@ -0,0 +1,119 @@ | |||
| order,name,label,parent,codesystem,code,ontologyTermURI,definition | |||
There was a problem hiding this comment.
ah, dat is ook heel fijn. David en Willemijn hadden het hier ook al over want op individuele samples nivo ook nodig.
What are the main changes you did