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DESCRIPTION

@@ -19,13 +19,19 @@ Depends:
     mixOmics,
     pcaMethods,
     cba,
+    cowplot,
+    gdata,
+    searchable, 
     tools,
     stringr,
     xcms,
     mzR,
     matrixStats,
     plotrix,
+    slam,
+    plotly,
     egg
+Remotes: decisionpatterns/searchable
 Suggests:
     knitr,
     testthat
@@ -35,6 +41,8 @@ Description: We present a novel approach for the untargeted discovery of metabol
 License: GPL (>= 2)
 biocViews: Software, Visualization
 Collate:
+    'Annotation.R'
+    'Classifiers.R'
     'StartApp.R'
     'R_packages.R'
     'FragmentMatrixFunctions.R'

MetFamily/R/R_packages.R → R/R_packages.R

@@ -1,82 +1,82 @@
-
-##############################################################################################################
-## GUI
-#install.packages("shiny")
-library("shiny")
-#devtools::install_github("rstudio/htmltools")
-library("htmltools")
-#install.packages("shinyjs")
-library("shinyjs")
-#install.packages("DT")
-library("DT")
-#install.packages("colourpicker")
-library("colourpicker")
-#install.packages("shinyBS")
-library("shinyBS")
-#install.packages("shinybusy")
-library("shinybusy")
-#install.packages("egg")
-library(egg)
-#install.packages("cowplot")
-library(cowplot)
-##############################################################################################################
-## mass spectrometry
-#sudo apt-get install libnetcdf-dev
-#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
-#biocLite("mzR")
-library("mzR")
-#biocLite("xmcs")
-library("xcms")
-
-
-##############################################################################################################
-## MS1 analyses
-#install.packages("FactoMineR")
-library("FactoMineR")
-#install.packages("mixOmics")
-library("mixOmics")
-#source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
-#biocLite("pcaMethods")
-library("pcaMethods")
-#install.packages("caret")
-#library("caret")
-###################
-#install_github( "decisionpatterns/searchable" )
-library(searchable)
-#install.packages("gdata")
-library(gdata)
-##############################################################################################################
-## tools
-#install.packages("matrixStats")
-library("matrixStats")
-library("Matrix")
-library("tools")
-#install.packages("stringi")
-library("stringr")
-#install_github('rCharts', 'ramnathv')
-#library("rCharts")
-#install.packages("shinydashboard")
-#library("shinydashboard")
-#install.packages("slam")
-library("slam")
-
-##############################################################################################################
-## pdf report
-#install.packages("knitr")
-library("knitr")
-#install.packages("rmarkdown")
-#library("rmarkdown")
-
-##############################################################################################################
-## plot
-#install.packages("cba")
-library("cba")
-#install.packages("squash")
-library("squash")
-#install.packages("plotrix")
-library("plotrix")
-#install.packages("plotly")
-library("plotly")
-#install.packages("RColorBrewer")
-library("RColorBrewer")
-
+
+##############################################################################################################
+## GUI
+#install.packages("shiny")
+library("shiny")
+#devtools::install_github("rstudio/htmltools")
+library("htmltools")
+#install.packages("shinyjs")
+library("shinyjs")
+#install.packages("DT")
+library("DT")
+#install.packages("colourpicker")
+library("colourpicker")
+#install.packages("shinyBS")
+library("shinyBS")
+#install.packages("shinybusy")
+library("shinybusy")
+#install.packages("egg")
+library(egg)
+#install.packages("cowplot")
+#library(cowplot) # not available at cran 2023-11-21 anymore
+##############################################################################################################
+## mass spectrometry
+#sudo apt-get install libnetcdf-dev
+#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
+#biocLite("mzR")
+library("mzR")
+#biocLite("xmcs")
+library("xcms")
+
+
+##############################################################################################################
+## MS1 analyses
+#install.packages("FactoMineR")
+library("FactoMineR")
+#install.packages("mixOmics")
+library("mixOmics")
+#source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
+#biocLite("pcaMethods")
+library("pcaMethods")
+#install.packages("caret")
+#library("caret")
+###################
+#install_github( "decisionpatterns/searchable" )
+library(searchable)
+#install.packages("gdata")
+library(gdata)
+##############################################################################################################
+## tools
+#install.packages("matrixStats")
+library("matrixStats")
+library("Matrix")
+library("tools")
+#install.packages("stringi")
+library("stringr")
+#install_github('rCharts', 'ramnathv')
+#library("rCharts")
+#install.packages("shinydashboard")
+#library("shinydashboard")
+#install.packages("slam")
+library("slam")
+
+##############################################################################################################
+## pdf report
+#install.packages("knitr")
+library("knitr")
+#install.packages("rmarkdown")
+#library("rmarkdown")
+
+##############################################################################################################
+## plot
+#install.packages("cba")
+library("cba")
+#install.packages("squash")
+library("squash")
+#install.packages("plotrix")
+library("plotrix")
+#install.packages("plotly")
+library("plotly")
+#install.packages("RColorBrewer")
+library("RColorBrewer")
+