Skip to content

Commit

Permalink
added stuff from meeting
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
@fenneltheloon
fenneltheloon committed Jul 13, 2023
1 parent 56af000 commit c449f24
Show file tree
Hide file tree
Showing 5 changed files with 267 additions and 2 deletions.
4 changes: 2 additions & 2 deletions I-test.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,7 +1,7 @@
import pymatgen.io.vasp
import pymatgen.symmetry.analyzer

file_path = "I.vasp"
file_path = "iodine.vasp"
R_TOL = 0.5
A_TOL = 5.0

Expand All @@ -16,4 +16,4 @@
SpacegroupAnalyzer(poscar.structure, symprec=R_TOL,\
angle_tolerance=A_TOL).get_space_group_number()

print(spacegroup)
print(spacegroup)
197 changes: 197 additions & 0 deletions cryst331-perfect.vasp
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,197 @@
cd cl
1.00000
12.8247900000 0.0000000000 0.0000000000
-6.4123950000 11.1065939400 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 20.9427943700
Cu Ag I
108 27 54
Direct
0.111111111111 0.222222222222 0.041666666667
0.111111111111 0.555555555556 0.041666666667
0.111111111111 0.888888888889 0.041666666667
0.444444444444 0.222222222222 0.041666666667
0.444444444444 0.555555555556 0.041666666667
0.444444444444 0.888888888889 0.041666666667
0.777777777778 0.222222222222 0.041666666667
0.777777777778 0.555555555556 0.041666666667
0.777777777778 0.888888888889 0.041666666667
0.000000000000 0.000000000000 0.125000000000
0.000000000000 0.333333333333 0.125000000000
0.000000000000 0.666666666667 0.125000000000
0.333333333333 0.000000000000 0.125000000000
0.333333333333 0.333333333333 0.125000000000
0.333333333333 0.666666666667 0.125000000000
0.666666666667 0.000000000000 0.125000000000
0.666666666667 0.333333333333 0.125000000000
0.666666666667 0.666666666667 0.125000000000
0.222222222222 0.111111111111 0.208333333333
0.222222222222 0.444444444444 0.208333333333
0.222222222222 0.777777777778 0.208333333333
0.555555555556 0.111111111111 0.208333333333
0.555555555556 0.444444444444 0.208333333333
0.555555555556 0.777777777778 0.208333333333
0.888888888889 0.111111111111 0.208333333333
0.888888888889 0.444444444444 0.208333333333
0.888888888889 0.777777777778 0.208333333333
0.111111111111 0.222222222222 0.291666666667
0.111111111111 0.555555555556 0.291666666667
0.111111111111 0.888888888889 0.291666666667
0.444444444444 0.222222222222 0.291666666667
0.444444444444 0.555555555556 0.291666666667
0.444444444444 0.888888888889 0.291666666667
0.777777777778 0.222222222222 0.291666666667
0.777777777778 0.555555555556 0.291666666667
0.777777777778 0.888888888889 0.291666666667
0.000000000000 0.000000000000 0.375000000000
0.000000000000 0.333333333333 0.375000000000
0.000000000000 0.666666666667 0.375000000000
0.333333333333 0.000000000000 0.375000000000
0.333333333333 0.333333333333 0.375000000000
0.333333333333 0.666666666667 0.375000000000
0.666666666667 0.000000000000 0.375000000000
0.666666666667 0.333333333333 0.375000000000
0.666666666667 0.666666666667 0.375000000000
0.222222222222 0.111111111111 0.458333333333
0.222222222222 0.444444444444 0.458333333333
0.222222222222 0.777777777778 0.458333333333
0.555555555556 0.111111111111 0.458333333333
0.555555555556 0.444444444444 0.458333333333
0.555555555556 0.777777777778 0.458333333333
0.888888888889 0.111111111111 0.458333333333
0.888888888889 0.444444444444 0.458333333333
0.888888888889 0.777777777778 0.458333333333
0.111111111111 0.222222222222 0.541666666667
0.111111111111 0.555555555556 0.541666666667
0.111111111111 0.888888888889 0.541666666667
0.444444444444 0.222222222222 0.541666666667
0.444444444444 0.555555555556 0.541666666667
0.444444444444 0.888888888889 0.541666666667
0.777777777778 0.222222222222 0.541666666667
0.777777777778 0.555555555556 0.541666666667
0.777777777778 0.888888888889 0.541666666667
0.000000000000 0.000000000000 0.625000000000
0.000000000000 0.333333333333 0.625000000000
0.000000000000 0.666666666667 0.625000000000
0.333333333333 0.000000000000 0.625000000000
0.333333333333 0.333333333333 0.625000000000
0.333333333333 0.666666666667 0.625000000000
0.666666666667 0.000000000000 0.625000000000
0.666666666667 0.333333333333 0.625000000000
0.666666666667 0.666666666667 0.625000000000
0.222222222222 0.111111111111 0.708333333333
0.222222222222 0.444444444444 0.708333333333
0.222222222222 0.777777777778 0.708333333333
0.555555555556 0.111111111111 0.708333333333
0.555555555556 0.444444444444 0.708333333333
0.555555555556 0.777777777778 0.708333333333
0.888888888889 0.111111111111 0.708333333333
0.888888888889 0.444444444444 0.708333333333
0.888888888889 0.777777777778 0.708333333333
0.111111111111 0.222222222222 0.791666666667
0.111111111111 0.555555555556 0.791666666667
0.111111111111 0.888888888889 0.791666666667
0.444444444444 0.222222222222 0.791666666667
0.444444444444 0.555555555556 0.791666666667
0.444444444444 0.888888888889 0.791666666667
0.777777777778 0.222222222222 0.791666666667
0.777777777778 0.555555555556 0.791666666667
0.777777777778 0.888888888889 0.791666666667
0.000000000000 0.000000000000 0.875000000000
0.000000000000 0.333333333333 0.875000000000
0.000000000000 0.666666666667 0.875000000000
0.333333333333 0.000000000000 0.875000000000
0.333333333333 0.333333333333 0.875000000000
0.333333333333 0.666666666667 0.875000000000
0.666666666667 0.000000000000 0.875000000000
0.666666666667 0.333333333333 0.875000000000
0.666666666667 0.666666666667 0.875000000000
0.222222222222 0.111111111111 0.958333333333
0.222222222222 0.444444444444 0.958333333333
0.222222222222 0.777777777778 0.958333333333
0.555555555556 0.111111111111 0.958333333333
0.555555555556 0.444444444444 0.958333333333
0.555555555556 0.777777777778 0.958333333333
0.888888888889 0.111111111111 0.958333333333
0.888888888889 0.444444444444 0.958333333333
0.888888888889 0.777777777778 0.958333333333
0.111111111111 0.222222222222 0.166666666667
0.111111111111 0.555555555556 0.166666666667
0.111111111111 0.888888888889 0.166666666667
0.444444444444 0.222222222222 0.166666666667
0.444444444444 0.555555555556 0.166666666667
0.444444444444 0.888888888889 0.166666666667
0.777777777778 0.222222222222 0.166666666667
0.777777777778 0.555555555556 0.166666666667
0.777777777778 0.888888888889 0.166666666667
0.222222222222 0.111111111111 0.833333333333
0.222222222222 0.444444444444 0.833333333333
0.222222222222 0.777777777778 0.833333333333
0.555555555556 0.111111111111 0.833333333333
0.555555555556 0.444444444444 0.833333333333
0.555555555556 0.777777777778 0.833333333333
0.888888888889 0.111111111111 0.833333333333
0.888888888889 0.444444444444 0.833333333333
0.888888888889 0.777777777778 0.833333333333
0.000000000000 0.000000000000 0.500000000000
0.000000000000 0.333333333333 0.500000000000
0.000000000000 0.666666666667 0.500000000000
0.333333333333 0.000000000000 0.500000000000
0.333333333333 0.333333333333 0.500000000000
0.333333333333 0.666666666667 0.500000000000
0.666666666667 0.000000000000 0.500000000000
0.666666666667 0.333333333333 0.500000000000
0.666666666667 0.666666666667 0.500000000000
0.222222222222 0.111111111111 0.083333333333
0.222222222222 0.444444444444 0.083333333333
0.222222222222 0.777777777778 0.083333333333
0.555555555556 0.111111111111 0.083333333333
0.555555555556 0.444444444444 0.083333333333
0.555555555556 0.777777777778 0.083333333333
0.888888888889 0.111111111111 0.083333333333
0.888888888889 0.444444444444 0.083333333333
0.888888888889 0.777777777778 0.083333333333
0.000000000000 0.000000000000 0.250000000000
0.000000000000 0.333333333333 0.250000000000
0.000000000000 0.666666666667 0.250000000000
0.333333333333 0.000000000000 0.250000000000
0.333333333333 0.333333333333 0.250000000000
0.333333333333 0.666666666667 0.250000000000
0.666666666667 0.000000000000 0.250000000000
0.666666666667 0.333333333333 0.250000000000
0.666666666667 0.666666666667 0.250000000000
0.111111111111 0.222222222222 0.416666666667
0.111111111111 0.555555555556 0.416666666667
0.111111111111 0.888888888889 0.416666666667
0.444444444444 0.222222222222 0.416666666667
0.444444444444 0.555555555556 0.416666666667
0.444444444444 0.888888888889 0.416666666667
0.777777777778 0.222222222222 0.416666666667
0.777777777778 0.555555555556 0.416666666667
0.777777777778 0.888888888889 0.416666666667
0.222222222222 0.111111111111 0.583333333333
0.222222222222 0.444444444444 0.583333333333
0.222222222222 0.777777777778 0.583333333333
0.555555555556 0.111111111111 0.583333333333
0.555555555556 0.444444444444 0.583333333333
0.555555555556 0.777777777778 0.583333333333
0.888888888889 0.111111111111 0.583333333333
0.888888888889 0.444444444444 0.583333333333
0.888888888889 0.777777777778 0.583333333333
0.000000000000 0.000000000000 0.750000000000
0.000000000000 0.333333333333 0.750000000000
0.000000000000 0.666666666667 0.750000000000
0.333333333333 0.000000000000 0.750000000000
0.333333333333 0.333333333333 0.750000000000
0.333333333333 0.666666666667 0.750000000000
0.666666666667 0.000000000000 0.750000000000
0.666666666667 0.333333333333 0.750000000000
0.666666666667 0.666666666667 0.750000000000
0.111111111111 0.222222222222 0.916666666667
0.111111111111 0.555555555556 0.916666666667
0.111111111111 0.888888888889 0.916666666667
0.444444444444 0.222222222222 0.916666666667
0.444444444444 0.555555555556 0.916666666667
0.444444444444 0.888888888889 0.916666666667
0.777777777778 0.222222222222 0.916666666667
0.777777777778 0.555555555556 0.916666666667
0.777777777778 0.888888888889 0.916666666667
62 changes: 62 additions & 0 deletions iodine.vasp
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,62 @@
cd cl
1.00000
12.8247900000 0.0000000000 0.0000000000
-6.4123950000 11.1065939400 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 20.9427943700
I
54
Direct
0.222222222222 0.111111111111 0.083333333333
0.222222222222 0.444444444444 0.083333333333
0.222222222222 0.777777777778 0.083333333333
0.555555555556 0.111111111111 0.083333333333
0.555555555556 0.444444444444 0.083333333333
0.555555555556 0.777777777778 0.083333333333
0.888888888889 0.111111111111 0.083333333333
0.888888888889 0.444444444444 0.083333333333
0.888888888889 0.777777777778 0.083333333333
0.000000000000 0.000000000000 0.250000000000
0.000000000000 0.333333333333 0.250000000000
0.000000000000 0.666666666667 0.250000000000
0.333333333333 0.000000000000 0.250000000000
0.333333333333 0.333333333333 0.250000000000
0.333333333333 0.666666666667 0.250000000000
0.666666666667 0.000000000000 0.250000000000
0.666666666667 0.333333333333 0.250000000000
0.666666666667 0.666666666667 0.250000000000
0.111111111111 0.222222222222 0.416666666667
0.111111111111 0.555555555556 0.416666666667
0.111111111111 0.888888888889 0.416666666667
0.444444444444 0.222222222222 0.416666666667
0.444444444444 0.555555555556 0.416666666667
0.444444444444 0.888888888889 0.416666666667
0.777777777778 0.222222222222 0.416666666667
0.777777777778 0.555555555556 0.416666666667
0.777777777778 0.888888888889 0.416666666667
0.222222222222 0.111111111111 0.583333333333
0.222222222222 0.444444444444 0.583333333333
0.222222222222 0.777777777778 0.583333333333
0.555555555556 0.111111111111 0.583333333333
0.555555555556 0.444444444444 0.583333333333
0.555555555556 0.777777777778 0.583333333333
0.888888888889 0.111111111111 0.583333333333
0.888888888889 0.444444444444 0.583333333333
0.888888888889 0.777777777778 0.583333333333
0.000000000000 0.000000000000 0.750000000000
0.000000000000 0.333333333333 0.750000000000
0.000000000000 0.666666666667 0.750000000000
0.333333333333 0.000000000000 0.750000000000
0.333333333333 0.333333333333 0.750000000000
0.333333333333 0.666666666667 0.750000000000
0.666666666667 0.000000000000 0.750000000000
0.666666666667 0.333333333333 0.750000000000
0.666666666667 0.666666666667 0.750000000000
0.111111111111 0.222222222222 0.916666666667
0.111111111111 0.555555555556 0.916666666667
0.111111111111 0.888888888889 0.916666666667
0.444444444444 0.222222222222 0.916666666667
0.444444444444 0.555555555556 0.916666666667
0.444444444444 0.888888888889 0.916666666667
0.777777777778 0.222222222222 0.916666666667
0.777777777778 0.555555555556 0.916666666667
0.777777777778 0.888888888889 0.916666666667
6 changes: 6 additions & 0 deletions notes/spacegroup-sym.md
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -18,3 +18,9 @@ For each space group:
multiple of the number of symmetry ops. If open, check to see if they are
noncoprime. If that condition is met, then print the spacegroup subnumber
to stdout.

## next steps

Okay so now we write the generation file
- Make sure that we have a function that will take a subset of points that are mapped onto and see if we can get alternate origins

Binary file added spacegroup-analyzer.zip
View file
Binary file not shown.

0 comments on commit c449f24

Please sign in to comment.