Skip to content

Commit

Permalink
It is very late
Browse files Browse the repository at this point in the history
  • Loading branch information
@fenneltheloon
fenneltheloon committed Jul 18, 2023
1 parent dee0c20 commit 1f05626
Show file tree
Hide file tree
Showing 7 changed files with 510 additions and 61 deletions.
6 changes: 3 additions & 3 deletions I-test.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,7 +1,7 @@
import pymatgen.io.vasp
import pymatgen.symmetry.analyzer

file_path = "iodine.vasp"
file_path = "ag.vasp"
R_TOL = 0.5
A_TOL = 5.0

Expand All @@ -13,7 +13,7 @@
# returned 1 ever. Am I just not scanning enough input or is there actually
# a problem with the system?
spacegroup = pymatgen.symmetry.analyzer.\
SpacegroupAnalyzer(poscar.structure, symprec=R_TOL,\
angle_tolerance=A_TOL).get_space_group_number()
SpacegroupAnalyzer(poscar.structure, symprec=R_TOL,
angle_tolerance=A_TOL).get_space_group_number()

print(spacegroup)
35 changes: 35 additions & 0 deletions ag.vasp
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,35 @@
cd cl
1.00000
12.8247900000 0.0000000000 0.0000000000
-6.4123950000 11.1065939400 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 20.9427943700
Ag
27
Direct
0.111111111111 0.222222222222 0.166666666667
0.111111111111 0.555555555556 0.166666666667
0.111111111111 0.888888888889 0.166666666667
0.444444444444 0.222222222222 0.166666666667
0.444444444444 0.555555555556 0.166666666667
0.444444444444 0.888888888889 0.166666666667
0.777777777778 0.222222222222 0.166666666667
0.777777777778 0.555555555556 0.166666666667
0.777777777778 0.888888888889 0.166666666667
0.222222222222 0.111111111111 0.833333333333
0.222222222222 0.444444444444 0.833333333333
0.222222222222 0.777777777778 0.833333333333
0.555555555556 0.111111111111 0.833333333333
0.555555555556 0.444444444444 0.833333333333
0.555555555556 0.777777777778 0.833333333333
0.888888888889 0.111111111111 0.833333333333
0.888888888889 0.444444444444 0.833333333333
0.888888888889 0.777777777778 0.833333333333
0.000000000000 0.000000000000 0.500000000000
0.000000000000 0.333333333333 0.500000000000
0.000000000000 0.666666666667 0.500000000000
0.333333333333 0.000000000000 0.500000000000
0.333333333333 0.333333333333 0.500000000000
0.333333333333 0.666666666667 0.500000000000
0.666666666667 0.000000000000 0.500000000000
0.666666666667 0.333333333333 0.500000000000
0.666666666667 0.666666666667 0.500000000000
116 changes: 116 additions & 0 deletions cu.vasp
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,116 @@
cd cl
1.00000
12.8247900000 0.0000000000 0.0000000000
-6.4123950000 11.1065939400 0.0000000000
0.0000000000 0.0000000000 20.9427943700
Cu
108
Direct
0.111111111111 0.222222222222 0.041666666667
0.111111111111 0.555555555556 0.041666666667
0.111111111111 0.888888888889 0.041666666667
0.444444444444 0.222222222222 0.041666666667
0.444444444444 0.555555555556 0.041666666667
0.444444444444 0.888888888889 0.041666666667
0.777777777778 0.222222222222 0.041666666667
0.777777777778 0.555555555556 0.041666666667
0.777777777778 0.888888888889 0.041666666667
0.000000000000 0.000000000000 0.125000000000
0.000000000000 0.333333333333 0.125000000000
0.000000000000 0.666666666667 0.125000000000
0.333333333333 0.000000000000 0.125000000000
0.333333333333 0.333333333333 0.125000000000
0.333333333333 0.666666666667 0.125000000000
0.666666666667 0.000000000000 0.125000000000
0.666666666667 0.333333333333 0.125000000000
0.666666666667 0.666666666667 0.125000000000
0.222222222222 0.111111111111 0.208333333333
0.222222222222 0.444444444444 0.208333333333
0.222222222222 0.777777777778 0.208333333333
0.555555555556 0.111111111111 0.208333333333
0.555555555556 0.444444444444 0.208333333333
0.555555555556 0.777777777778 0.208333333333
0.888888888889 0.111111111111 0.208333333333
0.888888888889 0.444444444444 0.208333333333
0.888888888889 0.777777777778 0.208333333333
0.111111111111 0.222222222222 0.291666666667
0.111111111111 0.555555555556 0.291666666667
0.111111111111 0.888888888889 0.291666666667
0.444444444444 0.222222222222 0.291666666667
0.444444444444 0.555555555556 0.291666666667
0.444444444444 0.888888888889 0.291666666667
0.777777777778 0.222222222222 0.291666666667
0.777777777778 0.555555555556 0.291666666667
0.777777777778 0.888888888889 0.291666666667
0.000000000000 0.000000000000 0.375000000000
0.000000000000 0.333333333333 0.375000000000
0.000000000000 0.666666666667 0.375000000000
0.333333333333 0.000000000000 0.375000000000
0.333333333333 0.333333333333 0.375000000000
0.333333333333 0.666666666667 0.375000000000
0.666666666667 0.000000000000 0.375000000000
0.666666666667 0.333333333333 0.375000000000
0.666666666667 0.666666666667 0.375000000000
0.222222222222 0.111111111111 0.458333333333
0.222222222222 0.444444444444 0.458333333333
0.222222222222 0.777777777778 0.458333333333
0.555555555556 0.111111111111 0.458333333333
0.555555555556 0.444444444444 0.458333333333
0.555555555556 0.777777777778 0.458333333333
0.888888888889 0.111111111111 0.458333333333
0.888888888889 0.444444444444 0.458333333333
0.888888888889 0.777777777778 0.458333333333
0.111111111111 0.222222222222 0.541666666667
0.111111111111 0.555555555556 0.541666666667
0.111111111111 0.888888888889 0.541666666667
0.444444444444 0.222222222222 0.541666666667
0.444444444444 0.555555555556 0.541666666667
0.444444444444 0.888888888889 0.541666666667
0.777777777778 0.222222222222 0.541666666667
0.777777777778 0.555555555556 0.541666666667
0.777777777778 0.888888888889 0.541666666667
0.000000000000 0.000000000000 0.625000000000
0.000000000000 0.333333333333 0.625000000000
0.000000000000 0.666666666667 0.625000000000
0.333333333333 0.000000000000 0.625000000000
0.333333333333 0.333333333333 0.625000000000
0.333333333333 0.666666666667 0.625000000000
0.666666666667 0.000000000000 0.625000000000
0.666666666667 0.333333333333 0.625000000000
0.666666666667 0.666666666667 0.625000000000
0.222222222222 0.111111111111 0.708333333333
0.222222222222 0.444444444444 0.708333333333
0.222222222222 0.777777777778 0.708333333333
0.555555555556 0.111111111111 0.708333333333
0.555555555556 0.444444444444 0.708333333333
0.555555555556 0.777777777778 0.708333333333
0.888888888889 0.111111111111 0.708333333333
0.888888888889 0.444444444444 0.708333333333
0.888888888889 0.777777777778 0.708333333333
0.111111111111 0.222222222222 0.791666666667
0.111111111111 0.555555555556 0.791666666667
0.111111111111 0.888888888889 0.791666666667
0.444444444444 0.222222222222 0.791666666667
0.444444444444 0.555555555556 0.791666666667
0.444444444444 0.888888888889 0.791666666667
0.777777777778 0.222222222222 0.791666666667
0.777777777778 0.555555555556 0.791666666667
0.777777777778 0.888888888889 0.791666666667
0.000000000000 0.000000000000 0.875000000000
0.000000000000 0.333333333333 0.875000000000
0.000000000000 0.666666666667 0.875000000000
0.333333333333 0.000000000000 0.875000000000
0.333333333333 0.333333333333 0.875000000000
0.333333333333 0.666666666667 0.875000000000
0.666666666667 0.000000000000 0.875000000000
0.666666666667 0.333333333333 0.875000000000
0.666666666667 0.666666666667 0.875000000000
0.222222222222 0.111111111111 0.958333333333
0.222222222222 0.444444444444 0.958333333333
0.222222222222 0.777777777778 0.958333333333
0.555555555556 0.111111111111 0.958333333333
0.555555555556 0.444444444444 0.958333333333
0.555555555556 0.777777777778 0.958333333333
0.888888888889 0.111111111111 0.958333333333
0.888888888889 0.444444444444 0.958333333333
0.888888888889 0.777777777778 0.958333333333
167 changes: 116 additions & 51 deletions manual-config-generator.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -12,6 +12,13 @@
AG_BI_AV = 27
I_AV_OCC = 54
x, y, z = sympy.symbols('x, y, z')
POSSIBLE_AG_BI_SG = [i for i in range(143, 162)]
POSSIBLE_CU_SG = [143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154,
155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166,
167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178,
179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190,
195, 198]
ATTEMPT_CREATION_TIMEOUT = 100

parser = argparse.ArgumentParser(
prog="Config Generator",
Expand Down Expand Up @@ -98,54 +105,112 @@
print("Syntax error on lines 6 and 7.")

# Open symmetries file
symmetries = yaml.safe_load(open(args.symmetries, "r"))
spacegroup = symmetries[args.spacegroup] # this will look like [1: {}, 2: {}]

symmetry_ops = [sympy.Matrix([x, y, z])]
i = 1
while i in spacegroup:
M_i = sympy.Matrix(spacegroup[i]["M"])
T_i = sympy.Matrix([0, 0, 0])
if "T" in spacegroup[i]:
T_i = sympy.Matrix(spacegroup[i]["T"])
symmetry_ops.append((M_i * symmetry_ops[0]) + T_i)
symopslen = len(symmetry_ops)
i += 1
if "+" in spacegroup:
for vec in spacegroup["+"]:
vector = sympy.Matrix(vec)
for i in range(symopslen):
symmetry_ops.append(symmetry_ops[i] + vector)
# Now we need to remove all whole number constants from each component
for op in symmetry_ops:
for comp in op:
const = sum([term for term in comp.as_ordered_terms() if
term.is_constant()])
if const > 0:
const = -sympy.floor(const)
else:
const = -sympy.ceiling(const)
comp = comp + const
op.simplify()

# Loop for each configuration
for i in args.number:
if len(symmetry_ops) == 3:
# Pick 3 orgins for Ag, 3 for Bi, and 6 for Cu
temp_Ag_Bi = AgBiIndex
Ag_Pos = []
j = 0
while j < 3:
origin = random.choice(temp_Ag_Bi)
points = [k.subs([(x, origin[0]), (y, origin[1]), (z, origin[2])])
for k in symmetry_ops]
# TODO: we need to figure out how to calculate the modulo position
# for a site if the origin sits close to the border of the 3x3
# lattice. Will this break site symmetry?
if not all(x in temp_Ag_Bi for x in points):
continue
for k in points:
Ag_Pos.append(k)
temp_Ag_Bi.remove(k)
j += 1

spacegroups = yaml.safe_load(open(args.symmetries, "r")) # this will look like [1: {}, 2: {}]

# Look at the spacegroup number. We need to pick an element that will be in
# the minimum spacegroup, and then all other elements can be in equal or higher
# spacegroup

# Ag = 0
# Bi = 1
# Cu = 2
min_space_group_element = random.randrange(3)

match min_space_group_element:
case 0:
AgSpacegroup = args.spacegroup
BiSpacegroup = random.choice(POSSIBLE_AG_BI_SG)
CuSpacegroup = random.choice(POSSIBLE_CU_SG)
case 1:
AgSpacegroup = random.choice(POSSIBLE_AG_BI_SG)
BiSpacegroup = args.spacegroup
CuSpacegroup = random.choice(POSSIBLE_CU_SG)
case 2:
AgSpacegroup = random.choice(POSSIBLE_AG_BI_SG)
BiSpacegroup = random.choice(POSSIBLE_AG_BI_SG)
CuSpacegroup = args.spacegroup

# Randomly decide order of filling
filling_order = random.shuffle([0, 1, 2])

# Cycle through each and match statement
unused_ag_sites = AgBiIndex
unused_bi_sites = AgBiIndex
unused_cu_sites = CuIndex
while filling_order:
current_element = filling_order.pop()

match current_element:
case 0:
spacegroup = spacegroups[AgSpacegroup]
symmetry_ops = [sympy.Matrix([x, y, z])]
i = 1
while i in spacegroup:
M_i = sympy.Matrix(spacegroup[i]["M"])
T_i = sympy.Matrix([0, 0, 0])
if "T" in spacegroup[i]:
T_i = sympy.Matrix(spacegroup[i]["T"])
symmetry_ops.append((M_i * symmetry_ops[0]) + T_i)
symopslen = len(symmetry_ops)
i += 1
if "+" in spacegroup:
for vec in spacegroup["+"]:
vector = sympy.Matrix(vec)
for i in range(symopslen):
symmetry_ops.append(symmetry_ops[i] + vector)
# Now we need to remove all whole number constants from each
# component
for op in symmetry_ops:
for comp in op:
const = sum([term for term in comp.as_ordered_terms() if
term.is_constant()])
if const > 0:
const = -sympy.floor(const)
else:
const = -sympy.ceiling(const)
comp = comp + const
op.simplify()
# Num. of overlapped sites = Num. of groups needed * num. of ops in
# that group - num. of sites to fill.
multiplier = 1
while multiplier * len(symmetry_ops) > AG_OCC:
multiplier += 1
overlapping_sites = multiplier * len(symmetry_ops) - AG_OCC
# Now we will try and seed and grow each origin. If a collision or
# an error is detected, the attempt for the element is scrapped
# (((?))) and starts over from the top.
attempts = 0
while attempts < ATTEMPT_CREATION_TIMEOUT:
# Need to do this to make sure that the list of available sites
# is updated
unused_ag_sites = unused_bi_sites
failed = False
for i in range(multiplier):
origin = random.choice(unused_ag_sites)
for op in symmetry_ops:
loc = op.subs([(x, origin[0]), (y, origin[1]),
(z, origin[2])]).simplify()
# Need to make sure that all elements are less than 1
for coord in loc:
if coord >= 1:
while coord >= 1:
coord -= 1
elif coord < 0:
while coord < 0:
coord += 1
# Check to see if it's in the list
if loc in unused_ag_sites:
unused_ag_sites.remove(loc)
else:
failed = True
break
# TODO: now we need to check the overlapping sites, iterate
# through all of the existing possible combinations of
# overlapping points, find their possible orgins, and then
# pick one of those potential origins and fill out the
# remaining points if they are unoccupied. If they are
# occupied, try the remaining possible origins before
# declaring it failed and starting over.
if failed:
attempts += 1
continue
26 changes: 25 additions & 1 deletion notes/spacegroup-sym.md
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -52,5 +52,29 @@ Repeat until we have all possible origin points for that three point pair

Do this symbolically? if possible so we don't have to do it every time.

143-161 are the only ones that we are looking at - 143-146 are 3 and 147-161
143-161 are the only ones that we are looking at for Ag/Bi - 143-146 are 3 and 147-161
are 6.

Copper: Max is 221, all groups underneath with less than 18: 143-190, 195, 198

Not true - these are the only space groups that we will need for Ag/Bi. Copper
will need to be able to use any space group it can - which is pretty much any
group that has 18 points or less. Will need to write down some of the higher
order space groups into the yaml file to process. And then make sure the Cu
code is updated.

Pick one of Ag/Bi/Cu to be the min space group, then all others will greater
than or equal to as long as they are valid.

If group is open and gcd of number of ops in formula and number of ops in
spacegroup is not one AND space group has number of ops less than or equal to
number of sites that will be filled by that sublattice, then can use.

If number of space group symops not a factor of number of sites,
then find smallest multiple that is greater than the number of sites, find how
many overlap, and see if that divides evenly between the number of symmetric
units.

If it is, then multiply and make sure they do not overlap.

Copper space group is 221, iodine is 225. Ag/Bi is 166.
Loading

0 comments on commit 1f05626

Please sign in to comment.