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Scripts/master.py

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 import os, sys
 
 species = sys.argv[1]
+print("#############################################")
+print("#             Projet BigData                #")
+print("#############################################\n\n")
 
 # Création de la base de données si nécessaire
 if not os.path.isdir("../DSW/Outputs/"+species):
     os.system("./Scripts/CreateDB.sh "+species)
+    print("    > Création de la base de données "+species)
 
+print("    > Création de l'arborescence et déplacement des données")
 import arborescence
+print("    > Parsing des fichiers input")
 import updateCSV
 
+
 list_sql = list()
 
 if os.path.isfile("../DSW/Outputs/"+species+"/gene.csv"):
+    print("    > Ajout de nouveaux gènes")
     import geneCSVtoSQL
     list_sql.append("geneSQL.sql")
 
 if os.path.isfile("../DSW/Outputs/"+species+"/contig.csv"):
+    print("    > Ajout de nouveaux contigs")
     import contigCSVtoSQL
     list_sql.append("contigSQL.sql")
 
 if os.path.isfile("../DSW/Outputs/"+species+"/gene_seq.csv"):
+    print("    > Ajout de nouvelles séquences de gènes")
     import gene_seqCSVtoSQL
     list_sql.append("gene_seqSQL.sql")
 
 if os.path.isfile("../DSW/Outputs/"+species+"/protein_seq.csv"):
+    print("    > Ajout de nouvelles séquences de protéines")
     import proteinCSVtoSQL
     list_sql.append("proteinSQL.sql")
 
 if os.path.isfile("../DSW/Outputs/"+species+"/transcript_seq.csv"): 
+    print("    > Ajout de nouvelles séquences de transcripts")
     import transcriptCSVtoSQL
     list_sql.append("transcriptSQL.sql")
 
 if os.path.isfile("../DSW/Outputs/"+species+"/pfam.csv"):
+    print("    > Ajout de nouveaux domaines pfam")
     import pfamCSVtoSQL
     list_sql.append("pfamSQL.sql")
 
 if os.path.isfile("../DSW/Outputs/"+species+"/pfam2gene.csv"):
+    print("    > Ajout de nouvelles associations pfam <-> gènes")
     import p2gCSVtoSQL
     list_sql.append("p2gSQL.sql")
 
 # Enrichir la Database
+    print("    > Enrichissement de la base de données "+species)
 for sql_file in list_sql:
+    print("         - Traitement du fichier "+sql_file)
     os.system("./enrichDB.sh "+species+" "+sql_file)
-os.system("rm ../DSW/Outputs/"+species+"/*.csv")
-os.system("rm ../DSW/Outputs/"+species+"/*.sql")
+#os.system("rm ../DSW/Outputs/"+species+"/*.csv")
+#os.system("rm ../DSW/Outputs/"+species+"/*.sql")