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TuftsBCB · Mar 22, 2024 · d6c7183 · d6c7183
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@@ -101,8 +101,12 @@ <h2 id="C">C</h2>
 </li>
   </ul></td>
   <td style="width: 33%; vertical-align: top;"><ul>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger.check_early_stopping">check_early_stopping() (regdiffusion.logger.LightLogger method)</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.LightLogger.check_early_stopping">check_early_stopping() (regdiffusion.LightLogger method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger.check_early_stopping">(regdiffusion.logger.LightLogger method)</a>
 </li>
+      </ul></li>
   </ul></td>
 </tr></table>
 
@@ -124,31 +128,67 @@ <h2 id="E">E</h2>
 <table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
   <td style="width: 33%; vertical-align: top;"><ul>
       <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.evaluator.GRNEvaluator.evaluate">evaluate() (regdiffusion.evaluator.GRNEvaluator method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.GRNEvaluator.evaluate">(regdiffusion.GRNEvaluator method)</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.extract_node_2hop_neighborhood">extract_node_2hop_neighborhood() (regdiffusion.grn.GRN method)</a>
+      </ul></li>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.GRN.extract_node_2hop_neighborhood">extract_node_2hop_neighborhood() (regdiffusion.GRN method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.extract_node_2hop_neighborhood">(regdiffusion.grn.GRN method)</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.extract_node_neighbors">extract_node_neighbors() (regdiffusion.grn.GRN method)</a>
+      </ul></li>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.GRN.extract_node_neighbors">extract_node_neighbors() (regdiffusion.GRN method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.extract_node_neighbors">(regdiffusion.grn.GRN method)</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.extract_node_neighbors_as_indices">extract_node_neighbors_as_indices() (regdiffusion.grn.GRN method)</a>
+      </ul></li>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.GRN.extract_node_neighbors_as_indices">extract_node_neighbors_as_indices() (regdiffusion.GRN method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.extract_node_neighbors_as_indices">(regdiffusion.grn.GRN method)</a>
 </li>
+      </ul></li>
   </ul></td>
   <td style="width: 33%; vertical-align: top;"><ul>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.extract_node_sources">extract_node_sources() (regdiffusion.grn.GRN method)</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.GRN.extract_node_sources">extract_node_sources() (regdiffusion.GRN method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.extract_node_sources">(regdiffusion.grn.GRN method)</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.extract_node_sources_as_indices">extract_node_sources_as_indices() (regdiffusion.grn.GRN method)</a>
+      </ul></li>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.GRN.extract_node_sources_as_indices">extract_node_sources_as_indices() (regdiffusion.GRN method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.extract_node_sources_as_indices">(regdiffusion.grn.GRN method)</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.extract_node_targets">extract_node_targets() (regdiffusion.grn.GRN method)</a>
+      </ul></li>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.GRN.extract_node_targets">extract_node_targets() (regdiffusion.GRN method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.extract_node_targets">(regdiffusion.grn.GRN method)</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.extract_node_targets_as_indices">extract_node_targets_as_indices() (regdiffusion.grn.GRN method)</a>
+      </ul></li>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.GRN.extract_node_targets_as_indices">extract_node_targets_as_indices() (regdiffusion.GRN method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.extract_node_targets_as_indices">(regdiffusion.grn.GRN method)</a>
 </li>
+      </ul></li>
   </ul></td>
 </tr></table>
 
 <h2 id="F">F</h2>
 <table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
   <td style="width: 33%; vertical-align: top;"><ul>
-      <li><a href="regdiffusion.html#id0">finish() (regdiffusion.logger.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger.finish">[1]</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#id6">finish() (regdiffusion.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.LightLogger.finish">[1]</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#id0">(regdiffusion.logger.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger.finish">[1]</a>
 </li>
+      </ul></li>
       <li><a href="regdiffusion.models.html#regdiffusion.models.regdiffusion.Block.forward">forward() (regdiffusion.models.regdiffusion.Block method)</a>
 
       <ul>
@@ -161,8 +201,12 @@ <h2 id="F">F</h2>
       </ul></li>
   </ul></td>
   <td style="width: 33%; vertical-align: top;"><ul>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer.forward_pass">forward_pass() (regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer method)</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.RegDiffusionTrainer.forward_pass">forward_pass() (regdiffusion.RegDiffusionTrainer method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer.forward_pass">(regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer method)</a>
 </li>
+      </ul></li>
   </ul></td>
 </tr></table>
 
@@ -171,11 +215,17 @@ <h2 id="G">G</h2>
   <td style="width: 33%; vertical-align: top;"><ul>
       <li><a href="regdiffusion.models.html#regdiffusion.models.regdiffusion.GeneEmbeddings">GeneEmbeddings (class in regdiffusion.models.regdiffusion)</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.generate_adj_list">generate_adj_list() (regdiffusion.grn.GRN method)</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.GRN.generate_adj_list">generate_adj_list() (regdiffusion.GRN method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.generate_adj_list">(regdiffusion.grn.GRN method)</a>
 </li>
+      </ul></li>
       <li><a href="regdiffusion.models.html#regdiffusion.models.regdiffusion.RegDiffusion.get_adj">get_adj() (regdiffusion.models.regdiffusion.RegDiffusion method)</a>
 
       <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.RegDiffusionTrainer.get_adj">(regdiffusion.RegDiffusionTrainer method)</a>
+</li>
         <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer.get_adj">(regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer method)</a>
 </li>
       </ul></li>
@@ -185,14 +235,26 @@ <h2 id="G">G</h2>
   <td style="width: 33%; vertical-align: top;"><ul>
       <li><a href="regdiffusion.models.html#regdiffusion.models.regdiffusion.RegDiffusion.get_gene_emb">get_gene_emb() (regdiffusion.models.regdiffusion.RegDiffusion method)</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer.get_grn">get_grn() (regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer method)</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.RegDiffusionTrainer.get_grn">get_grn() (regdiffusion.RegDiffusionTrainer method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer.get_grn">(regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer method)</a>
 </li>
+      </ul></li>
       <li><a href="regdiffusion.models.html#regdiffusion.models.regdiffusion.RegDiffusion.get_sampled_adj_">get_sampled_adj_() (regdiffusion.models.regdiffusion.RegDiffusion method)</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN">GRN (class in regdiffusion.grn)</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.GRN">GRN (class in regdiffusion)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN">(class in regdiffusion.grn)</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.evaluator.GRNEvaluator">GRNEvaluator (class in regdiffusion.evaluator)</a>
+      </ul></li>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.GRNEvaluator">GRNEvaluator (class in regdiffusion)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.evaluator.GRNEvaluator">(class in regdiffusion.evaluator)</a>
 </li>
+      </ul></li>
   </ul></td>
 </tr></table>
 
@@ -207,8 +269,12 @@ <h2 id="I">I</h2>
 <h2 id="L">L</h2>
 <table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
   <td style="width: 33%; vertical-align: top;"><ul>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger">LightLogger (class in regdiffusion.logger)</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.LightLogger">LightLogger (class in regdiffusion)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger">(class in regdiffusion.logger)</a>
 </li>
+      </ul></li>
       <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.trainer.linear_beta_schedule">linear_beta_schedule() (in module regdiffusion.trainer)</a>
 </li>
       <li><a href="regdiffusion.data.html#regdiffusion.data.microglia.load_atlas_microglia">load_atlas_microglia() (in module regdiffusion.data.microglia)</a>
@@ -221,10 +287,18 @@ <h2 id="L">L</h2>
 </li>
       <li><a href="regdiffusion.data.html#regdiffusion.data.microglia.load_hammond_microglia">load_hammond_microglia() (in module regdiffusion.data.microglia)</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.load_logger">load_logger() (in module regdiffusion.logger)</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.load_logger">load_logger() (in module regdiffusion)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.load_logger">(in module regdiffusion.logger)</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#id1">log() (regdiffusion.logger.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger.log">[1]</a>
+      </ul></li>
+      <li><a href="regdiffusion.html#id7">log() (regdiffusion.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.LightLogger.log">[1]</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#id1">(regdiffusion.logger.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger.log">[1]</a>
 </li>
+      </ul></li>
   </ul></td>
 </tr></table>
 
@@ -272,8 +346,12 @@ <h2 id="P">P</h2>
 <h2 id="R">R</h2>
 <table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
   <td style="width: 33%; vertical-align: top;"><ul>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.read_hdf5">read_hdf5() (in module regdiffusion.grn)</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.read_hdf5">read_hdf5() (in module regdiffusion)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.read_hdf5">(in module regdiffusion.grn)</a>
 </li>
+      </ul></li>
       <li>
     regdiffusion
 
@@ -355,50 +433,86 @@ <h2 id="R">R</h2>
         <li><a href="regdiffusion.html#module-regdiffusion.trainer">module</a>
 </li>
       </ul></li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer">RegDiffusionTrainer (class in regdiffusion.trainer)</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.RegDiffusionTrainer">RegDiffusionTrainer (class in regdiffusion)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer">(class in regdiffusion.trainer)</a>
 </li>
+      </ul></li>
   </ul></td>
 </tr></table>
 
 <h2 id="S">S</h2>
 <table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
   <td style="width: 33%; vertical-align: top;"><ul>
-      <li><a href="regdiffusion.html#id2">save() (regdiffusion.logger.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger.save">[1]</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#id8">save() (regdiffusion.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.LightLogger.save">[1]</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#id2">(regdiffusion.logger.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger.save">[1]</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#id3">set_configs() (regdiffusion.logger.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger.set_configs">[1]</a>
+      </ul></li>
+      <li><a href="regdiffusion.html#id9">set_configs() (regdiffusion.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.LightLogger.set_configs">[1]</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#id3">(regdiffusion.logger.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger.set_configs">[1]</a>
 </li>
+      </ul></li>
   </ul></td>
   <td style="width: 33%; vertical-align: top;"><ul>
       <li><a href="regdiffusion.models.html#regdiffusion.models.regdiffusion.SinusoidalPositionEmbeddings">SinusoidalPositionEmbeddings (class in regdiffusion.models.regdiffusion)</a>
 </li>
       <li><a href="regdiffusion.models.html#regdiffusion.models.regdiffusion.RegDiffusion.soft_thresholding">soft_thresholding() (regdiffusion.models.regdiffusion.RegDiffusion method)</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#id4">start() (regdiffusion.logger.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger.start">[1]</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#id10">start() (regdiffusion.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.LightLogger.start">[1]</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#id4">(regdiffusion.logger.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger.start">[1]</a>
 </li>
+      </ul></li>
   </ul></td>
 </tr></table>
 
 <h2 id="T">T</h2>
 <table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
   <td style="width: 33%; vertical-align: top;"><ul>
-      <li><a href="regdiffusion.html#id5">to_df() (regdiffusion.logger.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger.to_df">[1]</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#id11">to_df() (regdiffusion.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.LightLogger.to_df">[1]</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#id5">(regdiffusion.logger.LightLogger method)</a>, <a href="regdiffusion.html#regdiffusion.logger.LightLogger.to_df">[1]</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.to_hdf5">to_hdf5() (regdiffusion.grn.GRN method)</a>
+      </ul></li>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.GRN.to_hdf5">to_hdf5() (regdiffusion.GRN method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.to_hdf5">(regdiffusion.grn.GRN method)</a>
 </li>
+      </ul></li>
   </ul></td>
   <td style="width: 33%; vertical-align: top;"><ul>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer.train">train() (regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer method)</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.RegDiffusionTrainer.train">train() (regdiffusion.RegDiffusionTrainer method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer.train">(regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer method)</a>
 </li>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer.training_curves">training_curves() (regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer method)</a>
+      </ul></li>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.RegDiffusionTrainer.training_curves">training_curves() (regdiffusion.RegDiffusionTrainer method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer.training_curves">(regdiffusion.trainer.RegDiffusionTrainer method)</a>
 </li>
+      </ul></li>
   </ul></td>
 </tr></table>
 
 <h2 id="V">V</h2>
 <table style="width: 100%" class="indextable genindextable"><tr>
   <td style="width: 33%; vertical-align: top;"><ul>
-      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.visualize_local_neighborhood">visualize_local_neighborhood() (regdiffusion.grn.GRN method)</a>
+      <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.GRN.visualize_local_neighborhood">visualize_local_neighborhood() (regdiffusion.GRN method)</a>
+
+      <ul>
+        <li><a href="regdiffusion.html#regdiffusion.grn.GRN.visualize_local_neighborhood">(regdiffusion.grn.GRN method)</a>
 </li>
+      </ul></li>
   </ul></td>
 </tr></table>