Fixed an issue where Blosum-62 scores weren't organized alphabetically

TravisWheelerLab · Jun 22, 2023 · 0022305 · 0022305
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@@ -10,26 +10,26 @@ static float MBB_INF  =  1.0/0.0;
 static float MBB_NINF = -1.0/0.0;
 
 static float MBB_BLOSUM62[441] = {
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+  -1.0, -3.0, -1.0, -1.0, -4.0, -2.0, -2.0, -3.0, -1.0, -3.0, -2.0, -1.0,  7.0, -1.0, -2.0, -1.0,  1.0, -2.0, -4.0, -3.0,  0.0, 
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 };
 
@@ -38,27 +38,27 @@ static int MBB_AMINO_INDEX[26]=
 // A  B  C  D  E  F  G  H  I  J  K  L  M  N  O  P  Q  R  S  T  U  V  W  X  Y  Z //
 
 static char MBB_CODON_TABLE[64]=
-  {'K','N','K','N', // AA-
-   'T','T','T','T', // AC-
-   'R','S','R','S', // AG-
-   'I','I','M','I', // AT-
-   'Q','H','Q','H', // CA-
-   'P','P','P','P', // CC-
-   'R','R','R','R', // CG-
-   'L','L','L','L', // CT-
-   'E','D','E','D', // GA-
-   'A','A','A','A', // GC-
-   'G','G','G','G', // GG-
-   'V','V','V','V', // GT-
-   '*','Y','*','Y', // TA-
-   'S','S','S','S', // TC-
-   '*','C','W','C', // TG-
-   'L','F','L','F'};// TT-
+  {'K', 'N', 'K', 'N', // AA-
+   'T', 'T', 'T', 'T', // AC-
+   'R', 'S', 'R', 'S', // AG-
+   'I', 'I', 'M', 'I', // AT-
+   'Q', 'H', 'Q', 'H', // CA-
+   'P', 'P', 'P', 'P', // CC-
+   'R', 'R', 'R', 'R', // CG-
+   'L', 'L', 'L', 'L', // CT-
+   'E', 'D', 'E', 'D', // GA-
+   'A', 'A', 'A', 'A', // GC-
+   'G', 'G', 'G', 'G', // GG-
+   'V', 'V', 'V', 'V', // GT-
+   '*', 'Y', '*', 'Y', // TA-
+   'S', 'S', 'S', 'S', // TC-
+   '*', 'C', 'W', 'C', // TG-
+   'L', 'F', 'L', 'F'};// TT-
 
-int MBB_MinInt(int a, int b);
-int MBB_MaxInt(int a, int b);
-float MBB_MinFloat(float a, float b);
-float MBB_MaxFloat(float a, float b);
+int MBB_MinInt(int a,  int b);
+int MBB_MaxInt(int a,  int b);
+float MBB_MinFloat(float a,  float b);
+float MBB_MaxFloat(float a,  float b);
 
 void MBB_SortInts(int * Vals, int * Index, int num_vals);
 void MBB_SortFloats(float * Vals, int * Index, int num_vals);