NP_ExtraSkinJPには挿入部品機能とページスキン機能の２つがあります。

挿入部品機能のみを利用する場合はpluginsフォルダの中身を通常のように
nucleus/pluginsにコピーしインストールしてください。

ページスキン機能を利用する場合は、pageskinフォルダの中身をサイトの
index.phpと同じ階層にコピーしてください。URLまわりの設定をしていない
場合はextra.phpのほうを、FancyURL設定を施している場合はextraを
コピーします。NP_CustomURLを利用している場合はpageskinフォルダの
中身は不要です。

Nucleus本体に同梱のextraフォルダを同じ階層に置いている場合はページ
スキン機能の稼働を保証できません。extraフォルダは削除しても本体の
稼働には影響ありませんので削除してください。

http://japan.nucleuscms.org/wiki/plugins:extraskinjp