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Remove FIX* variables from parm files
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Replace the various FIX* variables with their
respective ${FIXgfs}/type subfolder paths.

Refs NOAA-EMC#2184
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KateFriedman-NOAA committed Feb 15, 2024
1 parent 9670caa commit 452d9a9
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Showing 4 changed files with 126 additions and 126 deletions.
6 changes: 3 additions & 3 deletions parm/gdas/aero_jedi_fix.yaml
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,11 +1,11 @@
mkdir:
- !ENV ${DATA}/fv3jedi
copy:
- - !ENV ${FIXgdas}/fv3jedi/fv3files/akbk$(npz).nc4
- - !ENV ${FIXgfs}/gdas/fv3jedi/fv3files/akbk$(npz).nc4
- !ENV ${DATA}/fv3jedi/akbk.nc4
- - !ENV ${FIXgdas}/fv3jedi/fv3files/fmsmpp.nml
- - !ENV ${FIXgfs}/gdas/fv3jedi/fv3files/fmsmpp.nml
- !ENV ${DATA}/fv3jedi/fmsmpp.nml
- - !ENV ${FIXgdas}/fv3jedi/fv3files/field_table_gfdl
- - !ENV ${FIXgfs}/gdas/fv3jedi/fv3files/field_table_gfdl
- !ENV ${DATA}/fv3jedi/field_table
- - !ENV $(HOMEgfs)/sorc/gdas.cd/parm/io/fv3jedi_fieldmetadata_restart.yaml
- !ENV ${DATA}/fv3jedi/fv3jedi_fieldmetadata_restart.yaml
136 changes: 68 additions & 68 deletions parm/ufs/fix/gfs/atmos.fixed_files.yaml
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,85 +1,85 @@
copy:
# Atmosphere mosaic file linked as the grid_spec file (atm only)
- [$(FIXorog)/$(CASE)/$(CASE)_mosaic.nc, $(DATA)/INPUT/grid_spec.nc]
- [$(FIXgfs)/orog/$(CASE)/$(CASE)_mosaic.nc, $(DATA)/INPUT/grid_spec.nc]

# Atmosphere grid tile files
- [$(FIXorog)/$(CASE)/$(CASE)_grid.tile1.nc, $(DATA)/INPUT/]
- [$(FIXorog)/$(CASE)/$(CASE)_grid.tile2.nc, $(DATA)/INPUT/]
- [$(FIXorog)/$(CASE)/$(CASE)_grid.tile3.nc, $(DATA)/INPUT/]
- [$(FIXorog)/$(CASE)/$(CASE)_grid.tile4.nc, $(DATA)/INPUT/]
- [$(FIXorog)/$(CASE)/$(CASE)_grid.tile5.nc, $(DATA)/INPUT/]
- [$(FIXorog)/$(CASE)/$(CASE)_grid.tile6.nc, $(DATA)/INPUT/]
- [$(FIXgfs)/orog/$(CASE)/$(CASE)_grid.tile1.nc, $(DATA)/INPUT/]
- [$(FIXgfs)/orog/$(CASE)/$(CASE)_grid.tile2.nc, $(DATA)/INPUT/]
- [$(FIXgfs)/orog/$(CASE)/$(CASE)_grid.tile3.nc, $(DATA)/INPUT/]
- [$(FIXgfs)/orog/$(CASE)/$(CASE)_grid.tile4.nc, $(DATA)/INPUT/]
- [$(FIXgfs)/orog/$(CASE)/$(CASE)_grid.tile5.nc, $(DATA)/INPUT/]
- [$(FIXgfs)/orog/$(CASE)/$(CASE)_grid.tile6.nc, $(DATA)/INPUT/]

# oro_data_ls and oro_data_ss files from FIXugwd
- [$(FIXugwd)/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ls.tile1.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ls.tile1.nc]
- [$(FIXugwd)/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ls.tile2.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ls.tile2.nc]
- [$(FIXugwd)/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ls.tile3.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ls.tile3.nc]
- [$(FIXugwd)/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ls.tile4.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ls.tile4.nc]
- [$(FIXugwd)/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ls.tile5.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ls.tile5.nc]
- [$(FIXugwd)/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ls.tile6.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ls.tile6.nc]
- [$(FIXugwd)/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ss.tile1.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ss.tile1.nc]
- [$(FIXugwd)/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ss.tile2.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ss.tile2.nc]
- [$(FIXugwd)/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ss.tile3.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ss.tile3.nc]
- [$(FIXugwd)/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ss.tile4.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ss.tile4.nc]
- [$(FIXugwd)/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ss.tile5.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ss.tile5.nc]
- [$(FIXugwd)/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ss.tile6.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ss.tile6.nc]
# oro_data_ls and oro_data_ss files from FIXgfs/ugwd
- [$(FIXgfs)/ugwd/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ls.tile1.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ls.tile1.nc]
- [$(FIXgfs)/ugwd/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ls.tile2.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ls.tile2.nc]
- [$(FIXgfs)/ugwd/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ls.tile3.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ls.tile3.nc]
- [$(FIXgfs)/ugwd/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ls.tile4.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ls.tile4.nc]
- [$(FIXgfs)/ugwd/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ls.tile5.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ls.tile5.nc]
- [$(FIXgfs)/ugwd/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ls.tile6.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ls.tile6.nc]
- [$(FIXgfs)/ugwd/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ss.tile1.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ss.tile1.nc]
- [$(FIXgfs)/ugwd/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ss.tile2.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ss.tile2.nc]
- [$(FIXgfs)/ugwd/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ss.tile3.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ss.tile3.nc]
- [$(FIXgfs)/ugwd/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ss.tile4.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ss.tile4.nc]
- [$(FIXgfs)/ugwd/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ss.tile5.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ss.tile5.nc]
- [$(FIXgfs)/ugwd/$(CASE)/$(CASE)_oro_data_ss.tile6.nc, $(DATA)/INPUT/oro_data_ss.tile6.nc]

# GWD??
- [$(FIXugwd)/ugwp_limb_tau.nc, $(DATA)/ugwp_limb_tau.nc]
- [$(FIXgfs)/ugwd/ugwp_limb_tau.nc, $(DATA)/ugwp_limb_tau.nc]

# CO2 climatology
- [$(FIXam)/co2monthlycyc.txt, $(DATA)/co2monthlycyc.txt]
- [$(FIXam)/global_co2historicaldata_glob.txt, $(DATA)/co2historicaldata_glob.txt]
- [$(FIXam)/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2009.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2009.txt]
- [$(FIXam)/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2010.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2010.txt]
- [$(FIXam)/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2011.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2011.txt]
- [$(FIXam)/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2012.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2012.txt]
- [$(FIXam)/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2013.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2013.txt]
- [$(FIXam)/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2014.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2014.txt]
- [$(FIXam)/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2015.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2015.txt]
- [$(FIXam)/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2016.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2016.txt]
- [$(FIXam)/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2017.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2017.txt]
- [$(FIXam)/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2018.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2018.txt]
- [$(FIXam)/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2019.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2019.txt]
- [$(FIXam)/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2020.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2020.txt]
- [$(FIXam)/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2021.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2021.txt]
- [$(FIXam)/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2022.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2022.txt]
- [$(FIXam)/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2023.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2023.txt]
- [$(FIXgfs)/am/co2monthlycyc.txt, $(DATA)/co2monthlycyc.txt]
- [$(FIXgfs)/am/global_co2historicaldata_glob.txt, $(DATA)/co2historicaldata_glob.txt]
- [$(FIXgfs)/am/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2009.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2009.txt]
- [$(FIXgfs)/am/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2010.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2010.txt]
- [$(FIXgfs)/am/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2011.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2011.txt]
- [$(FIXgfs)/am/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2012.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2012.txt]
- [$(FIXgfs)/am/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2013.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2013.txt]
- [$(FIXgfs)/am/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2014.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2014.txt]
- [$(FIXgfs)/am/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2015.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2015.txt]
- [$(FIXgfs)/am/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2016.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2016.txt]
- [$(FIXgfs)/am/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2017.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2017.txt]
- [$(FIXgfs)/am/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2018.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2018.txt]
- [$(FIXgfs)/am/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2019.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2019.txt]
- [$(FIXgfs)/am/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2020.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2020.txt]
- [$(FIXgfs)/am/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2021.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2021.txt]
- [$(FIXgfs)/am/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2022.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2022.txt]
- [$(FIXgfs)/am/fix_co2_proj/global_co2historicaldata_2023.txt, $(DATA)/co2historicaldata_2023.txt]

# FIXam files
- [$(FIXam)/global_climaeropac_global.txt, $(DATA)/aerosol.dat]
- [$(FIXam)/ozprdlos_2015_new_sbuvO3_tclm15_nuchem.f77, $(DATA)/global_o3prdlos.f77]
- [$(FIXam)/global_h2o_pltc.f77, $(DATA)/global_h2oprdlos.f77]
- [$(FIXam)/global_glacier.2x2.grb, $(DATA)/global_glacier.2x2.grb]
- [$(FIXam)/global_maxice.2x2.grb, $(DATA)/global_maxice.2x2.grb]
- [$(FIXam)/global_snoclim.1.875.grb, $(DATA)/global_snoclim.1.875.grb]
- [$(FIXam)/global_slmask.t1534.3072.1536.grb, $(DATA)/global_slmask.t1534.3072.1536.grb]
- [$(FIXam)/global_soilmgldas.statsgo.t1534.3072.1536.grb, $(DATA)/global_soilmgldas.statsgo.t1534.3072.1536.grb]
- [$(FIXam)/global_solarconstant_noaa_an.txt, $(DATA)/solarconstant_noaa_an.txt]
- [$(FIXam)/global_sfc_emissivity_idx.txt, $(DATA)/sfc_emissivity_idx.txt]
- [$(FIXam)/RTGSST.1982.2012.monthly.clim.grb, $(DATA)/RTGSST.1982.2012.monthly.clim.grb]
- [$(FIXam)/IMS-NIC.blended.ice.monthly.clim.grb, $(DATA)/IMS-NIC.blended.ice.monthly.clim.grb]
# FIXgfs/am files
- [$(FIXgfs)/am/global_climaeropac_global.txt, $(DATA)/aerosol.dat]
- [$(FIXgfs)/am/ozprdlos_2015_new_sbuvO3_tclm15_nuchem.f77, $(DATA)/global_o3prdlos.f77]
- [$(FIXgfs)/am/global_h2o_pltc.f77, $(DATA)/global_h2oprdlos.f77]
- [$(FIXgfs)/am/global_glacier.2x2.grb, $(DATA)/global_glacier.2x2.grb]
- [$(FIXgfs)/am/global_maxice.2x2.grb, $(DATA)/global_maxice.2x2.grb]
- [$(FIXgfs)/am/global_snoclim.1.875.grb, $(DATA)/global_snoclim.1.875.grb]
- [$(FIXgfs)/am/global_slmask.t1534.3072.1536.grb, $(DATA)/global_slmask.t1534.3072.1536.grb]
- [$(FIXgfs)/am/global_soilmgldas.statsgo.t1534.3072.1536.grb, $(DATA)/global_soilmgldas.statsgo.t1534.3072.1536.grb]
- [$(FIXgfs)/am/global_solarconstant_noaa_an.txt, $(DATA)/solarconstant_noaa_an.txt]
- [$(FIXgfs)/am/global_sfc_emissivity_idx.txt, $(DATA)/sfc_emissivity_idx.txt]
- [$(FIXgfs)/am/RTGSST.1982.2012.monthly.clim.grb, $(DATA)/RTGSST.1982.2012.monthly.clim.grb]
- [$(FIXgfs)/am/IMS-NIC.blended.ice.monthly.clim.grb, $(DATA)/IMS-NIC.blended.ice.monthly.clim.grb]

# MERRA2 Aerosol Climatology
- [$(FIXaer)/merra2.aerclim.2003-2014.m01.nc, $(DATA)/aeroclim.m01.nc]
- [$(FIXaer)/merra2.aerclim.2003-2014.m02.nc, $(DATA)/aeroclim.m02.nc]
- [$(FIXaer)/merra2.aerclim.2003-2014.m03.nc, $(DATA)/aeroclim.m03.nc]
- [$(FIXaer)/merra2.aerclim.2003-2014.m04.nc, $(DATA)/aeroclim.m04.nc]
- [$(FIXaer)/merra2.aerclim.2003-2014.m05.nc, $(DATA)/aeroclim.m05.nc]
- [$(FIXaer)/merra2.aerclim.2003-2014.m06.nc, $(DATA)/aeroclim.m06.nc]
- [$(FIXaer)/merra2.aerclim.2003-2014.m07.nc, $(DATA)/aeroclim.m07.nc]
- [$(FIXaer)/merra2.aerclim.2003-2014.m08.nc, $(DATA)/aeroclim.m08.nc]
- [$(FIXaer)/merra2.aerclim.2003-2014.m09.nc, $(DATA)/aeroclim.m09.nc]
- [$(FIXaer)/merra2.aerclim.2003-2014.m10.nc, $(DATA)/aeroclim.m10.nc]
- [$(FIXaer)/merra2.aerclim.2003-2014.m11.nc, $(DATA)/aeroclim.m11.nc]
- [$(FIXaer)/merra2.aerclim.2003-2014.m12.nc, $(DATA)/aeroclim.m12.nc]
- [$(FIXgfs)/aer/merra2.aerclim.2003-2014.m01.nc, $(DATA)/aeroclim.m01.nc]
- [$(FIXgfs)/aer/merra2.aerclim.2003-2014.m02.nc, $(DATA)/aeroclim.m02.nc]
- [$(FIXgfs)/aer/merra2.aerclim.2003-2014.m03.nc, $(DATA)/aeroclim.m03.nc]
- [$(FIXgfs)/aer/merra2.aerclim.2003-2014.m04.nc, $(DATA)/aeroclim.m04.nc]
- [$(FIXgfs)/aer/merra2.aerclim.2003-2014.m05.nc, $(DATA)/aeroclim.m05.nc]
- [$(FIXgfs)/aer/merra2.aerclim.2003-2014.m06.nc, $(DATA)/aeroclim.m06.nc]
- [$(FIXgfs)/aer/merra2.aerclim.2003-2014.m07.nc, $(DATA)/aeroclim.m07.nc]
- [$(FIXgfs)/aer/merra2.aerclim.2003-2014.m08.nc, $(DATA)/aeroclim.m08.nc]
- [$(FIXgfs)/aer/merra2.aerclim.2003-2014.m09.nc, $(DATA)/aeroclim.m09.nc]
- [$(FIXgfs)/aer/merra2.aerclim.2003-2014.m10.nc, $(DATA)/aeroclim.m10.nc]
- [$(FIXgfs)/aer/merra2.aerclim.2003-2014.m11.nc, $(DATA)/aeroclim.m11.nc]
- [$(FIXgfs)/aer/merra2.aerclim.2003-2014.m12.nc, $(DATA)/aeroclim.m12.nc]

# Optical depth
- [$(FIXlut)/optics_BC.v1_3.dat, $(DATA)/optics_BC.dat]
- [$(FIXlut)/optics_DU.v15_3.dat, $(DATA)/optics_DU.dat]
- [$(FIXlut)/optics_OC.v1_3.dat, $(DATA)/optics_OC.dat]
- [$(FIXlut)/optics_SS.v3_3.dat, $(DATA)/optics_SS.dat]
- [$(FIXlut)/optics_SU.v1_3.dat, $(DATA)/optics_SU.dat]
- [$(FIXgfs)/lut/optics_BC.v1_3.dat, $(DATA)/optics_BC.dat]
- [$(FIXgfs)/lut/optics_DU.v15_3.dat, $(DATA)/optics_DU.dat]
- [$(FIXgfs)/lut/optics_OC.v1_3.dat, $(DATA)/optics_OC.dat]
- [$(FIXgfs)/lut/optics_SS.v3_3.dat, $(DATA)/optics_SS.dat]
- [$(FIXgfs)/lut/optics_SU.v1_3.dat, $(DATA)/optics_SU.dat]

# fd_ufs.yaml file
- [$(HOMEgfs)/sorc/ufs_model.fd/tests/parm/fd_ufs.yaml, $(DATA)/]
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