code eeglab de janvier

data/README.md

@@ -0,0 +1,7 @@
+Automagic ne peut lire que les format de données BIDS ie on met sous un dossier tous les sujets et on donne ce dossier parent comme dossier source
+Automagic crée tout seul son dossir résultat, si on le souhaite il fournit une variable project_stat.mat qui contient tous les paramètres nécessaires pour re créer le projet. Exemple: params (pour les options de preprocessing)
+
+Raw Data : c'est les données non pré-traitées fournies par l'article
+Stage 2.3 : c'est les données déjà prétraitées
+
+ChanlocsMaster.mat : localisation des electrodes 

src/codeR/fig2A.R

@@ -9,7 +9,7 @@ library(Rfast)
 library(Hmisc)
 
 
-nbparticipants=90;
+nbparticipants=100;
 
 #Plotting Setup
 
@@ -50,11 +50,6 @@ FFT_APA_Style = theme(axis.line.x = element_line(color="black", size = 0.5), #Ad
 data = read.csv('RewP_Waveforms.csv',header = FALSE) #Load ERP data
 
 
-pdata = read.csv('RewP_Waveforms_AllPs.csv',header = FALSE) #Load participant ERP data
-pdata$subject = as.factor(1:nbparticipants) #Add participant ID
-pdata$condition = as.factor(c(rep(1,nbparticipants),rep(2,nbparticipants))) #Add condition ID
-pdata_original = pdata #Re-allocate variable so not to lose it (later it gets modified)
-data_Latency = read.csv('RewP_Latency.csv',header = FALSE)  #Load ERP peak time data
 
 
 

src/eeglabcode/janvier/100 sujets/version100sujets.m

@@ -17,8 +17,8 @@
 dirdata='/home/nforde/Documents/StageEEGpre/data/Raw Data Part 13';
 cd(dirdata);
 filenames = dir('*.vhdr')
-
-for participant = 10:length(filenames) %Cycle through participants
+nb=100;
+for participant = 50:nb %Cycle through participants
 
 
     %Get participant name information
@@ -67,7 +67,7 @@
 [ALLEEG EEG] = eeg_store(ALLEEG, EEG, CURRENTSET);
 
 %identifier differents artifacts correspondants
-[EEG, varargout] = pop_iclabel(EEG, 'default')
+[EEG, varargout] = pop_iclabel(EEG, 'default');
 
 EEG = eeg_checkset( EEG );
 
@@ -94,7 +94,7 @@
 %  EEG = eeg_checkset( EEG );
 % eeglab redraw;
 %baseline correction
-EEG = pop_rmbase( EEG, [-0,2 0] ,[]);
+EEG = pop_rmbase( EEG, [-200/1000,0]);
 %[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 5,'gui','off'); 
 
 %bad segment

src/eeglabcode/janvier/10sujets/sujetsv2.m

@@ -19,7 +19,7 @@
 filenames = dir('*.vhdr')
 
 %for participant = 1:length(filenames) %Cycle through participants
-for participant = 1:1%Cycle through participants
+for participant = 1:2%Cycle through participants
 
     %Get participant name information
     disp(['Participant: ', num2str(participant)]) %Display current participant being processed
@@ -68,7 +68,7 @@
 [ALLEEG EEG] = eeg_store(ALLEEG, EEG, CURRENTSET);
 
 %identifier differents artifacts correspondants
-[EEG, varargout] = pop_iclabel(EEG, 'default')
+[EEG, varargout] = pop_iclabel(EEG, 'default');
 
 EEG = eeg_checkset( EEG );
 
@@ -95,9 +95,12 @@
 %  EEG = eeg_checkset( EEG );
 % eeglab redraw;
 %baseline correction
-EEG = pop_rmbase( EEG, [-200 0] ,[]);
+EEG = pop_rmbase( EEG, [-200/1000,0]);
 %[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 5,'gui','off'); 
-
+
+ %Baseline Correction
+%[EEG] = doBaseline(EEG,[-200/1000,0]); %Baseline correction in ms
+
 %bad segment
 % EEG = eeg_checkset( EEG );
 EEG = pop_eegthresh(EEG,1,[1:31] ,-50,50,-1,1.998,0,0);

src/eeglabcode/janvier/figure1/variablespourfig1.m

@@ -21,9 +21,9 @@
 cd(dirdata); %Find and change working folder to raw EEG data
  %Find and change working folder to saved data from last for loop
 filenames = dir('RewardProcessing_S2Final*'); %Compile list of all data
-
+nb=100;
 % for participant = 1:length(filenames) %Cycle through participants
-for participant = 1:90 %Cycle through participants
+for participant = 1:nb %Cycle through participants
 
     disp(['Participant: ', num2str(participant)]); %Display current participant being processed
 
@@ -76,7 +76,7 @@
 WAV_data1 = permute(squeeze(All_WAV(26,:,151:750,1,:)),[3,1,2]); %Extract participants time-frequency condition 1
 WAV_data2 = permute(squeeze(All_WAV(26,:,151:750,2,:)),[3,1,2]); %Extract participants time-frequency condition 2
 WAV_diff = WAV_data1-WAV_data2; %Create difference wave
-nb=3;
+
 for participant = 1:nb %Cycle through participants
     WAV_Delta(participant,:,:) = squeeze(WAV_diff(participant,:,:)).*delta_extract; %Confine data to significant delta activity for difference WAV
     WAV_Theta(participant,:,:) = squeeze(WAV_diff(participant,:,:)).*theta_extract; %Confine data to significant theta activity for difference WAV

src/eeglabcode/janvier/vhdr copiemod/eeglabhist5.m

@@ -1,3 +1,3 @@
-% EEGLAB history file generated on the 19-Jan-2022
+% EEGLAB history file generated on the 21-Jan-2022
 % ------------------------------------------------
 eeglab redraw;