Automatise les premières étapes de Annotathon, output les résultats bruts demandé sous forme de fichier txt, un tableau récapitulant toutes les informations (Ex :
)
et un graph (Ex :
) des résutats de blastp pour un ORF choisi afin d'aider à choisir une valeur seuil
getorf -minsize 180 entre deux codons stop | blastp evalue min 1e-10, 5000 resultats max, contre NR et swissprot
Enregistrer une sequence issue de Annotathon dans seq.fasta
lancer bio.py
Un dossier nommé d'aprés l'id de la séquence est crée. Ex: ./HMP1_7827060
Les résultats bruts de getorf et du blastp de tout les orfs sont enregistrés Ex : ./HMP1_7827060/ORF_HMP1_7827060.fasta et ./HMP1_7827060/blastp_HMP1_7827060
Un tableau récapitulant les informations est imprimé to stdout.
On vous demande de choisir un ORF à étudié à partir de maintenant.
Un sous dossier portant le nom de l'ORF choisi est crée Ex : /HMP1_7827060/ORF3
L'orf est enregistré dans un fichier au format fasta portant son nom Ex: ./HMP1_7827060/ORF3/ORF3.fasta
Cet ORF est blastp contre swissprot avec une evalue de 1e-10 et les résultats sont enregistrés Ex :./HMP1_7827060/ORF3/blastsw
Les résultats du blastp pour l'ORF sélectionné sont mis sous forme de graphique. Ex :./HMP1_7827070/ORF3/blastNRplot.pdf
Le tableau est enregistré /HMP1_7827060/ORF3/tableau.csv
Unix filesystem
GNU grep (perl regex)
ebi getorf
blast+
pandas
matplotlib
BioPython (SeqIO)