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19/var(--tw-bg-opacity))}.hover\:bg-sky-400:hover{--tw-bg-opacity:1;background-color:rgb(56 189 248/var(--tw-bg-opacity))}.hover\:bg-sky-500:hover{--tw-bg-opacity:1;background-color:rgb(14 165 233/var(--tw-bg-opacity))}.hover\:bg-yellow-100:hover{--tw-bg-opacity:1;background-color:rgb(254 249 195/var(--tw-bg-opacity))}.hover\:font-bold:hover{font-weight:700}.hover\:text-black:hover{--tw-text-opacity:1;color:rgb(0 0 0/var(--tw-text-opacity))}.hover\:text-seqorange:hover{--tw-text-opacity:1;color:rgb(199 79 19/var(--tw-text-opacity))}.hover\:text-white:hover{--tw-text-opacity:1;color:rgb(255 255 255/var(--tw-text-opacity))}.focus\:text-seqorange:focus{--tw-text-opacity:1;color:rgb(199 79 19/var(--tw-text-opacity))}.focus\:outline-none:focus{outline:2px solid transparent;outline-offset:2px}.focus\:ring-1:focus{--tw-ring-offset-shadow:var(--tw-ring-inset) 0 0 0 var(--tw-ring-offset-width) var(--tw-ring-offset-color);--tw-ring-shadow:var(--tw-ring-inset) 0 0 0 calc(1px + 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(min-width:640px){.sm\:ml-3{margin-left:.75rem}.sm\:inline-block{display:inline-block}.sm\:flex{display:flex}.sm\:w-auto{width:auto}.sm\:flex-row{flex-direction:row}.sm\:flex-row-reverse{flex-direction:row-reverse}.sm\:items-center{align-items:center}.sm\:justify-between{justify-content:space-between}.sm\:p-6{padding:1.5rem}.sm\:px-6{padding-left:1.5rem;padding-right:1.5rem}.sm\:pb-4{padding-bottom:1rem}.sm\:text-sm{font-size:.875rem;line-height:1.25rem}.sm\:leading-6{line-height:1.5rem}}@media (min-width:768px){.md\:col-span-1{grid-column:span 1/span 1}.md\:col-span-3{grid-column:span 3/span 3}.md\:my-2{margin-top:.5rem;margin-bottom:.5rem}.md\:block{display:block}.md\:flex{display:flex}.md\:w-6\/12{width:50%}.md\:w-auto{width:auto}.md\:grid-cols-2{grid-template-columns:repeat(2,minmax(0,1fr))}.md\:grid-cols-4{grid-template-columns:repeat(4,minmax(0,1fr))}.md\:space-x-4>:not([hidden])~:not([hidden]){--tw-space-x-reverse:0;margin-right:calc(1rem*var(--tw-space-x-reverse));margin-left:calc(1rem*(1 - var(--tw-space-x-reverse)))}.md\:overflow-hidden{overflow:hidden}.md\:pr-0{padding-right:0}.md\:text-base{font-size:1rem;line-height:1.5rem}.md\:text-lg{font-size:1.125rem;line-height:1.75rem}.md\:leading-tight{line-height:1.25}}@media (min-width:1024px){.lg\:px-8{padding-left:2rem;padding-right:2rem}}@media print{.print\:col-span-1{grid-column:span 1/span 1}.print\:mx-0{margin-right:0}.print\:ml-0,.print\:mx-0{margin-left:0}.print\:\!hidden{display:none!important}.print\:hidden{display:none}.print\:grid-cols-1{grid-template-columns:repeat(1,minmax(0,1fr))}} \ No newline at end of file diff --git a/public/js/collapse_preferences.js b/public/js/collapse_preferences.js index eb7e9a66..4cbe2908 100644 --- a/public/js/collapse_preferences.js +++ b/public/js/collapse_preferences.js @@ -5,9 +5,15 @@ export default class CollapsePreferences { } toggleCollapse() { - let currentlyCollapsed = this.component.state.collapsed; + let currentlyCollapsed = false; - this.component.setState({ collapsed: !currentlyCollapsed }); + if (this.isReactFunction) { + currentlyCollapsed = this.component.collapsed; + this.component.setCollapsed(!currentlyCollapsed); + } else { + currentlyCollapsed = this.component.state.collapsed; + this.component.setState({ collapsed: !currentlyCollapsed }); + } let collapsePreferences = JSON.parse(localStorage.getItem('collapsePreferences')) || []; @@ -24,7 +30,11 @@ export default class CollapsePreferences { } renderCollapseIcon() { - return this.component.state.collapsed ? this.plusIcon() : this.minusIcon(); + if (this.isReactFunction) { + return this.component.collapsed ? this.plusIcon() : this.minusIcon(); + } else { + return this.component.state.collapsed ? this.plusIcon() : this.minusIcon(); + } } minusIcon() { diff --git a/public/js/grapher.js b/public/js/grapher.js index a6a24506..c8eb25f3 100644 --- a/public/js/grapher.js +++ b/public/js/grapher.js @@ -1,132 +1,129 @@ import _ from 'underscore'; -import React, { createRef } from 'react'; +import React, { createRef, useState, useEffect, useCallback } from 'react'; import './svgExporter'; // create handlers for SVG and PNG download buttons import CollapsePreferences from './collapse_preferences'; - -// Each instance of Grapher is added to this object once the component has been -// mounted. This is so that grapher can be iterated over and redrawn on window -// resize event. -var Graphers = {}; +import useDetectPrint from "react-detect-print"; // Grapher is a function that takes a Graph class and returns a React component. // This React component provides HTML boilerplate to add heading, to make the // graphs collapsible, to redraw graphs when window is resized, and SVG and PNG // export buttons and functionality. export default function Grapher(Graph) { - return class extends React.Component { - constructor(props) { - super(props); - this.name = Graph.name(this.props); - this.collapsePreferences = new CollapsePreferences(this); - let isCollapsed = this.collapsePreferences.preferenceStoredAsCollapsed(); - this.state = { collapsed: Graph.canCollapse() && (this.props.collapsed || isCollapsed) }; - this.svgContainerRef = createRef(); - } + return function Component(props) { + const alwaysShowName = Graph.alwaysShowName === undefined ? false : Graph.alwaysShowName(); + const printing = useDetectPrint(); + const name = Graph.name(props); + const [width, setWidth] = useState(window.innerWidth); + const [collapsed, setCollapsed] = useState(false); + const svgContainerRef = createRef(); + let graph = null; - graphId() { - return Graph.graphId(this.props); - } + const graphId = () => "testing" - render() { - // Do not render when Graph.name() is null - if (Graph.name(this.props) === null) { - return null; - } else { - var printCss = this.state.collapsed ? ' print:hidden' : ''; - var cssClasses = Graph.className() + ' grapher' + printCss; - return ( -
- {this.props.showHSPNumbers && - `${Helpers.toLetters(this.hsp.number)}. `} - {this.hspStats().map((s, i) => ( - {s} - ))} -
- {this.hspLines()} -+- {`Query ${this.formatCoords(lqstart, width)} `} + {`Query ${formatCoords(lqstart, width)} `} {lqseq} {` ${lqend}`}
- {`${this.formatCoords("", width + 8)} `} + {`${formatCoords("", width + 8)} `} {lmseq}
- {`Subject ${this.formatCoords(lsstart, width)} `} + {`Subject ${formatCoords(lsstart, width)} `} {lsseq} {` ${lsend}`} @@ -220,35 +210,23 @@ export default class HSP extends React.Component { return pp; } - // Width of the coordinate part of hsp lines. Essentially the length of - // the largest coordinate. - width() { - return _.max( - _.map( - [this.hsp.qstart, this.hsp.qend, this.hsp.sstart, this.hsp.send], - (n) => { - return n.toString().length; - } - ) - ); - } // Alignment start coordinate for query sequence. // // This will be qstart or qend depending on the direction in which the // (translated) query sequence aligned. - nqseq() { - switch (this.props.algorithm) { + const getNqseq = () => { + switch (props.algorithm) { case "blastp": case "blastx": case "tblastn": case "tblastx": - return this.hsp.qframe >= 0 ? this.hsp.qstart : this.hsp.qend; + return hsp.qframe >= 0 ? hsp.qstart : hsp.qend; case "blastn": // BLASTN is a bit weird in that, no matter which direction the query // sequence aligned in, qstart is taken as alignment start coordinate // for query. - return this.hsp.qstart; + return hsp.qstart; } } @@ -256,18 +234,18 @@ export default class HSP extends React.Component { // // This will be sstart or send depending on the direction in which the // (translated) subject sequence aligned. - nsseq() { - switch (this.props.algorithm) { + const getNsseq = () => { + switch (props.algorithm) { case "blastp": case "blastx": case "tblastn": case "tblastx": - return this.hsp.sframe >= 0 ? this.hsp.sstart : this.hsp.send; + return hsp.sframe >= 0 ? hsp.sstart : hsp.send; case "blastn": // BLASTN is a bit weird in that, no matter which direction the // subject sequence aligned in, sstart is taken as alignment // start coordinate for subject. - return this.hsp.sstart; + return hsp.sstart; } } @@ -279,8 +257,8 @@ export default class HSP extends React.Component { // // This will be 1 or 3 depending on whether the query sequence was // translated or not. - qframe_unit() { - switch (this.props.algorithm) { + const qframe_unit = () => { + switch (props.algorithm) { case "blastp": case "blastn": case "tblastn": @@ -302,8 +280,8 @@ export default class HSP extends React.Component { // // This will be 1 or 3 depending on whether the subject sequence was // translated or not. - sframe_unit() { - switch (this.props.algorithm) { + const sframe_unit = () => { + switch (props.algorithm) { case "blastp": case "blastx": case "blastn": @@ -326,8 +304,8 @@ export default class HSP extends React.Component { // // This will be +1 or -1, depending on the direction in which the // (translated) query sequence aligned. - qframe_sign() { - return this.hsp.qframe >= 0 ? 1 : -1; + const qframe_sign = () => { + return hsp.qframe >= 0 ? 1 : -1; } // If we should add or subtract sframe_unit from sstart to arrive at send. @@ -338,15 +316,15 @@ export default class HSP extends React.Component { // // This will be +1 or -1, depending on the direction in which the // (translated) subject sequence aligned. - sframe_sign() { - return this.hsp.sframe >= 0 ? 1 : -1; + const sframe_sign = () => { + return hsp.sframe >= 0 ? 1 : -1; } /** * Pad given coord with ' ' till its length == width. Returns undefined if * width is not supplied. */ - formatCoords(coord, width) { + const formatCoords = (coord, width) => { if (width) { let padding = width - coord.toString().length; return Array(padding + 1) @@ -355,16 +333,34 @@ export default class HSP extends React.Component { } } - spanCoords(text) { + const spanCoords = (text) => { return {text}; } + + return ( +++ ); } // Redraw if window resized. -$(window).resize( - _.debounce(function () { - _.each(HSPComponents, (comp) => { - comp.draw(); - }); - }, 100) -); +// $(window).resize( +// _.debounce(function () { +// _.each(HSPComponents, (comp) => { +// comp.draw(); +// }); +// }, 100) +// ); diff --git a/public/sequenceserver-report.min.js b/public/sequenceserver-report.min.js index 1434e1e8..a3fdca21 100644 --- a/public/sequenceserver-report.min.js +++ b/public/sequenceserver-report.min.js @@ -1,3 +1,3 @@ /*! For license information please see sequenceserver-report.min.js.LICENSE.txt */ -(()=>{var e={606:(e,t,n)=>{function r(e){return r="function"==typeof Symbol&&"symbol"==typeof Symbol.iterator?function(e){return typeof e}:function(e){return e&&"function"==typeof Symbol&&e.constructor===Symbol&&e!==Symbol.prototype?"symbol":typeof e},r(e)}e=n.nmd(e);var i=n(365),o=Math.PI,a=o/2;function s(e){return"function"==typeof e?e:function(){return e}}function l(e){return e.source}function u(e){return e.target}function c(e){return e.radius}function f(e){return e.startAngle}function h(e){return e.endAngle}var d,p=[].indexOf||function(e){for(var t=0,n=this.length;t+ {props.showHSPNumbers && + `${Helpers.toLetters(hsp.number)}. `} + {hspStats().map((s, i) => ( + {s} + ))} +
+ {hspLines()} +f?{in:n.in-f,out:n.in}:{in:t[0].out,out:t[0].out+f}},null!==e&&(e.exports=d),d.checkParent=function(e,t,n,r){return e in n||(d.log(1,"datum","unknown parent id",{line:t+1,value:e,header:r,layoutSummary:n}),!1)},d.checkNumber=function(e,t){var n,r;for(n in e)if(r=e[n],isNaN(r))return d.log(1,"datum","not a number",{line:t+1,value:r,header:n}),!1;return!0},d.parseChordData=function(e,t){var n;return"source_id"in(n=e[0])&&"source_start"in n&&"target_id"in n&&"target_start"in n&&"target_end"in n&&(e=e.map((function(e){var t;return t=[e.source_id,e.source_start,e.source_end,e.target_id,e.target_start,e.target_end],null!=e.value&&t.push(e.value),t}))),{data:e=e.filter((function(e,n){return d.checkParent(e[0],n,t,"source_id")})).filter((function(e,n){return d.checkParent(e[3],n,t,"target_id")})).filter((function(e,t){return d.checkNumber({source_start:e[1],source_end:e[2],target_start:e[4],target_end:e[5],value:e[6]||1},t)})).map((function(e){return{source:{id:e[0],start:Math.max(0,parseFloat(e[1])),end:Math.min(t[e[0]],parseFloat(e[2]))},target:{id:e[3],start:Math.max(0,parseFloat(e[4])),end:Math.min(t[e[3]],parseFloat(e[5]))},value:parseFloat(e[6]),hsp:e[7]}})),meta:{min:i.min(e,(function(e){return e.value})),max:i.max(e,(function(e){return e.value}))}}},d.Layout=function(e,t){var n,r,i,o,a,s,l,u;for(i in null==t&&d.log(2,"no layout data",""),this.conf=d.mixConf(e,JSON.parse(JSON.stringify(this.defaultConf))),this.data=t,this.blocks={},this.size=0,o=0,a=this.data)u=a[i],this.blocks[u.id]={label:u.label,len:u.len,color:u.color,offset:o},u.offset=o,o+=u.len;for(i in this.size=o,r=this.conf.gap,l=this.size,n=this.data.length,s=this.data)u=s[i],this.blocks[u.id].start=u.offset/l*(2*Math.PI-n*r)+i*r,this.blocks[u.id].end=(u.offset+u.len)/l*(2*Math.PI-n*r)+i*r,u.start=u.offset/l*(2*Math.PI-n*r)+i*r,u.end=(u.offset+u.len)/l*(2*Math.PI-n*r)+i*r;return this.getAngle=function(e,t){var n;return n=this.blocks[e].start/this._size,"deg"===t?360*n:"rad"===t?2*n*Math.PI:null},this.summary=function(){var e,t,n,r,i;for(n={},t=0,r=(i=this._data).length;t o)+",1 "+t}function g(e){return"Q 0,0 "+e}return d.radius=function(e){return arguments.length?(n=s(e),d):n},d.source=function(t){return arguments.length?(e=s(t),d):e},d.target=function(e){return arguments.length?(t=s(e),d):t},d.startAngle=function(e){return arguments.length?(r=s(e),d):r},d.endAngle=function(e){return arguments.length?(i=s(e),d):i},d}().source((function(e){return p(e,i)})).target((function(e){return m(e,i)}))).attr("opacity",(function(e){return n.opacity})).attr("id",(function(e){return 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