PROVEAN.pbs

#!/bin/bash
#PBS -N PROVEAN
#PBS -S /bin/bash

set -e

function die {
  >&2 echo "error: ${1}"
  exit 1
}

#######################################
# If provided, source the config file #
#######################################

if [[ -n "${config}" && ! -f "${config}" ]] ; then
  die "Config file not found: ${config}"
fi

if [[ -n "${config}" && -f "${config}" ]] ; then
  . "${config}"
fi

######################################################################
# Check that we have a BLAST_DB, CACHE_DIR and JOB_FILE in our $PATH #
######################################################################

if [[ -z "${BLAST_DB}" || ! -d "${BLAST_DB}" ]] ; then
  die '$BLAST_DB not found.'
fi

if [[ -z "${CACHE_DIR}" || ! -d "${CACHE_DIR}" ]] ; then
  die '$CACHE_DIR not found.'
fi

if [[ -z "${JOB_FILE}" || ! -f "${JOB_FILE}" ]] ; then
  die '$JOB_FILE not found.'
fi

##################################################################
# Check that we have NCBI-BLAST, CD-HIT and PROVEAN in our $PATH #
##################################################################

for i in "psiblast" "blastdbcmd" "cd-hit" "provean" ; do
  hash "${i}" 2>/dev/null || {
    die "${i^^}: command not found."
  }
done

##########################################################
# Read the job file and slice out the peptide identifier #
##########################################################

n=1
while IFS= read -r peptide_id ; do
  peptide_ids[$n]="${peptide_id}"
  ((n++))
done < "${JOB_FILE}"

peptide_id="${peptide_ids[$PBS_ARRAY_INDEX]}"
peptide_dir="${CACHE_DIR%/}/${peptide_id}"

############################################################
# Check that the variations and query sequence files exist #
############################################################

variation_file="${peptide_dir}/${peptide_id}.var"

if [ ! -f "${variation_file}" ] ; then
  die "Variation file not found: ${variation_file}"
fi

query_file="${peptide_dir}/${peptide_id}.fasta"

if [ ! -f "${query_file}" ] ; then
  die "Query file not found: ${query_file}"
fi

#############################
# Build the PROVEAN command #
#############################

cmd=(provean)

cmd+=(-q "${query_file}")
cmd+=(-d "${BLAST_DB%/}/nr")
cmd+=(-v "${variation_file}")
cmd+=(--psiblast "$(type -P 'psiblast')")
cmd+=(--cdhit "$(type -P 'cd-hit')")
cmd+=(--blastdbcmd "$(type -P 'blastdbcmd')")

supporting_set="${peptide_dir}/${peptide_id}.sss"

if [ -e "${supporting_set}" ] ; then
  cmd+=(--supporting_set "${supporting_set}")
else
  cmd+=(--save_supporting_set "${supporting_set}")
fi

if [ -n "${TMPDIR}" ] ; then
  cmd+=(--tmp_dir "${TMPDIR}")
fi

#################################################
# Run PROVEAN and write the output to CACHE_DIR #
#################################################

stdout="${peptide_dir}/${peptide_id}.out"
stderr="${peptide_dir}/${peptide_id}.err"

"${cmd[@]}" 1> "${stdout}" 2> "${stderr}"