From 2307c7f4cf2b878c7bdecf007f56cbdc1df18f58 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: mjoseph Date: Thu, 22 Apr 2021 14:56:13 -0400 Subject: [PATCH] fix svg --- docs/_config.yml | 2 + docs/assets/images/registration_15_0.svg | 1773 +++++++++++++++++++++ docs/assets/images/registration_19_0.svg | 1798 +++++++++++++++++++++ docs/assets/images/registration_21_0.svg | 1809 ++++++++++++++++++++++ docs/assets/images/registration_7_0.svg | 1788 +++++++++++++++++++++ docs/tutorial/registration.md | 35 +- 6 files changed, 7204 insertions(+), 1 deletion(-) create mode 100644 docs/assets/images/registration_15_0.svg create mode 100644 docs/assets/images/registration_19_0.svg create mode 100644 docs/assets/images/registration_21_0.svg create mode 100644 docs/assets/images/registration_7_0.svg diff --git a/docs/_config.yml b/docs/_config.yml index 3c07ca3..a6ae272 100644 --- a/docs/_config.yml +++ b/docs/_config.yml @@ -12,6 +12,8 @@ sphinx: # Execution settings execute: timeout: 3000 + exclude_patterns: + 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+ + + + + + + + + + + + + \ No newline at end of file diff --git a/docs/assets/images/registration_7_0.svg b/docs/assets/images/registration_7_0.svg new file mode 100644 index 0000000..54b8970 --- /dev/null +++ b/docs/assets/images/registration_7_0.svg @@ -0,0 +1,1788 @@ + + + + + + + + + 2021-04-22T14:08:07.415102 + image/svg+xml + + + Matplotlib v3.4.1, https://matplotlib.org/ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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Please notice the subtle *nodding* of the head, perhaps more apparent when looking at the corpus callosum in the sagittal views: ```{code-cell} python +:tags: [remove-output] + from niworkflows.viz.notebook import display display( @@ -185,6 +188,12 @@ display( ); ``` +```{code-cell} python +:tags: [remove-input] + +HTML("""""") +``` + Let's configure ANTs via NiPype: ```{code-cell} python @@ -221,6 +230,8 @@ If everything worked out, we can now retrieve the aligned file with the output ` We can now visualize how close (or far) the two images are: ```{code-cell} python +:tags: [remove-output] + display( fixed_path, result.outputs.warped_image, @@ -229,6 +240,12 @@ display( ); ``` +```{code-cell} python +:tags: [remove-input] + +HTML("""""") +``` + ## Resampling an image Once we have estimated what is the *transform* that brings two images into alignment, we can *bring* the data in the *moving* image and *move this image* into the *reference*'s grid through *resampling*. @@ -253,10 +270,13 @@ matrix Resampling an image requires two pieces of information: the *reference* image (which provides the new grid where we want to have the data) and the *moving* image which contains the actual data we are interested in: ```{code-cell} python +:tags: [remove-output] + xfm = nt.linear.Affine(matrix) xfm.reference = fixed_path resampled = xfm.apply(moving_path) resampled.to_filename(tempdir / "resampled-nitransforms.nii.gz") + display( fixed_path, tempdir / "resampled-nitransforms.nii.gz", @@ -265,6 +285,13 @@ display( ); ``` +```{code-cell} python +:tags: [remove-input] + +HTML("""""") +``` + + **Exercise** Use the `display()` function to visualize the image aligned as generated by ANTs vs. that generated by *NiTransforms* -- they should be aligned!. @@ -272,7 +299,7 @@ Use the `display()` function to visualize the image aligned as generated by ANTs **Solution** ```{code-cell} python -:tags: [hide-cell] +:tags: [hide-cell, remove-output] display( result.outputs.warped_image, @@ -281,3 +308,9 @@ display( moving_label="Aligned (nitransforms)", ); ``` + +```{code-cell} python +:tags: [hide-cell, remove-input] + +HTML("""""") +```