Problème entre séquences Masters et PSSM. (Equipe 4)

[GuillaumeGirier]

Bonsoir,

Notre équipe (amont) rencontre un problème que voici:
Lorsqu'on construit nos PSSM en utilisant un alignement de type MUSCLE, on remarque que la longueur des profils est différente de celles des alignements obtenus, ce qui nous pose problème lorsque nous essayons d'obtenir un traceback à partir des séquences masters, puisque nous calculons nos PSSM avec les alignements.

Est-ce normal? Pouvez-vous nous éclairer?

L'Equipe 4.

[elolaine]

Bonjour, Pourriez-vous être un peu plus explicite ? car je ne suis pas sûre de bien comprendre votre question. Vous avez un alignement multiple, généré par exemple par MUSCLE, et à partir de là vous construisez un profil PSSM ? Et ce profil n’a pas la même taille que l’alignement ? Cela dépend donc de votre code pour calculer la PSSM ? Auriez-vous un exemple concret ? Le principe de base est que votre profil PSSM doit faire la même longueur que la séquence master et/ou query. Et vous n’utilisez MUSCLE ou autre que pour les queries, puisque pour les masters de familles, vous avez déjà les alignements. Elodie

…

Le 25 nov. 2019 à 18:46, GuillaumeGirier ***@***.***> a écrit : Bonsoir, Notre équipe (amont) rencontre un problème que voici: Lorsqu'on construit nos PSSM en utilisant un alignement de type MUSCLE, on remarque que la longueur des profils est différente de celles des alignements obtenus, ce qui nous pose problème lorsque nous essayons d'obtenir un traceback à partir des séquences masters, puisque nous calculons nos PSSM avec les alignements. Est-ce normal? Pouvez-vous nous éclairer? L'Equipe 4. — You are receiving this because you are subscribed to this thread. Reply to this email directly, view it on GitHub <#23?email_source=notifications&email_token=AFM42BQGGKJMCHYJIDCVBNLQVQFOJA5CNFSM4JRMQFDKYY3PNVWWK3TUL52HS4DFUVEXG43VMWVGG33NNVSW45C7NFSM4H34JW3Q>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AFM42BXXB6ESOHOWD5EZA4LQVQFOJANCNFSM4JRMQFDA>.

[GuillaumeGirier]

Bonsoir,

Alors, nous avons réussi à "résoudre" notre problème.
Nos problèmes venait du dossier "cpn10" du HOMSTRAD. En effet, dans celui-ci le fichier pdb est nommé "1p3ha.pdb", ce qui ne correspond à aucune séquence du fichier ".map".
Pour corriger cela, nous avons renommé dans le fichier ".map" le "1jh2a" correspondant à la master sequence en "1p3ha". (Soit le nom du fichier ".pdb")

Cela sera surement un problème récurrent pour la totalité des groupes "upstream", puisque nous partageons les mêmes fichiers.

Merci pour votre réponse,

GIRIER Guillaume.

[elolaine]

Bonjour, Merci de remonter l’info ! J’ai mis à jour le fichier « .map » dans le dossier partage. N’hésitez pas si vous détectez d’autres problèmes, c’est en effet utile pour tout le monde ! Bonne journée Elodie

…

Le 27 nov. 2019 à 18:32, GuillaumeGirier ***@***.***> a écrit : Bonsoir, Alors, nous avons réussi à "résoudre" notre problème. Nos problèmes venait du dossier "cpn10" du HOMSTRAD. En effet, dans celui-ci le fichier pdb est nommé "1p3ha.pdb", ce qui ne correspond à aucune séquence du fichier ".map". Pour corriger cela, nous avons renommé dans le fichier ".map" le "1jh2a" correspondant à la master sequence en "1p3ha". (Soit le nom du fichier ".pdb") Cela sera surement un problème récurrent pour la totalité des groupes "upstream", puisque nous partageons les mêmes fichiers. Merci pour votre réponse, GIRIER Guillaume. — You are receiving this because you commented. Reply to this email directly, view it on GitHub <#23?email_source=notifications&email_token=AFM42BUBGL3GVHZNPUYNSULQV2VKFA5CNFSM4JRMQFDKYY3PNVWWK3TUL52HS4DFVREXG43VMVBW63LNMVXHJKTDN5WW2ZLOORPWSZGOEFKHSPA#issuecomment-559184188>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AFM42BRQ2GUJM3HO3E3I723QV2VKFANCNFSM4JRMQFDA>.

[GuillaumeGirier]

Bonjour,

A défaut d'ouvrir une nouvelle issue, je partage ici un nouveau problème sur lequel certains peuvent bloquer:
Pour la famille MMOB, le fichier ".pdb" n'existe pas, et est remplacé par un ".atm", qui du coup, possède un entête qui peut nuire à la lecture des fichiers.
Nous avons choisi de retirer cet entête, et de changer l'extension en ".pdb".

En espérant que cela aide certaines personnes.

Guillaume.

[elolaine]

Bonjour, Merci, c’est corrigé sur le repo Git ! Elodie

…

Le 29 nov. 2019 à 16:02, GuillaumeGirier ***@***.***> a écrit : Bonjour, A défaut d'ouvrir une nouvelle issue, je partage ici un nouveau problème sur lequel certains peuvent bloquer: Pour la famille MMOB, le fichier ".pdb" n'existe pas, et est remplacé par un ".atm", qui du coup, possède un entête qui peut nuire à la lecture des fichiers. Nous avons choisi de retirer cet entête, et de changer l'extension en ".pdb". En espérant que cela aide certaines personnes. Guillaume. — You are receiving this because you commented. Reply to this email directly, view it on GitHub <#23?email_source=notifications&email_token=AFM42BWZXRFWKJ7SFZXA2CTQWEVIPA5CNFSM4JRMQFDKYY3PNVWWK3TUL52HS4DFVREXG43VMVBW63LNMVXHJKTDN5WW2ZLOORPWSZGOEFPB74A#issuecomment-559816688>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AFM42BWLDHXRUD7VBLOJKULQWEVIPANCNFSM4JRMQFDA>.