Para que o Spring consiga receber as variáveis de ambiente que estão sendo passadas para o arquivo application.properties é necessário setar as variáveis de ambiente que vão ser utilizadas na IDE.
Vá até o seu arquivo .env e copie todo o seu conteúdo. Então, prossiga com o passo da imagem a baixo para colar essas variáveis de ambiente.
Clique em OK para salvar.
Importante: Todas as vezes que for necessário mudar valores de variáveis de ambiente é necessário alterar esses valores no arquivo .env e na interface da IDE.