oppsett.qmd

---
title: "Sette opp systemet"
description: guide til å installere alle nødvendige pakker
---

Følg stegene under. Det er viktig at hvert steg fullføres før du går videre til neste!

### 1. Installere R, Rstudio, Rtools, Git og STATA

I Firmaportal, installer programmene:

-   **R** (minimum versjon 4.4.0)
-   **Rstudio**
-   **Rtools** (versjon 4.4, tilsvarende R-versjonen)
-   **Git**
-   **STATA** (trengs for å kjøre STATA-snutter)

### 2. Sette opp Git i RStudio

Åpne Rstudio og gå til Tools -\> Global Options -\> GIT/SVN. Sjekk at *Enable version control* er huket av og at git.exe-filen er angitt. Dette er viktig for å kunne synkronisere prosjekter og installere pakker som ligger på GitHub.

### 2b. Autentisering i git

Dette er bare aktuelt om du har behov for å laste opp endringer til GitHub. For å sette opp autentisering i GitHub, bruk følgende kode. Det kan være du må installere pakken `usethis` først.

``` r
usethis::create_github_token()
```

Dette tar deg til GitHub i nettleseren, hvor du kan sette opp en token som kobler din påloggingsinformasjon til RStudio. Denne må du kopiere. Deretter kjører du følgende i RStudio.

``` r
gitcreds::gitcreds_set()
```

Følg instruksjonene og lim inn koden fra GitHub.

### 3. Sette encoding (valgfri, men veldig nyttig)

Fra og med R versjon 4.2 ble det innført en endring i encoding, som gjør at norske bokstaver ikke leses korrekt. Vi må derfor sette encoding manuelt. For at dette skal skje automatisk når du bruker R, kan dette med fordel legges direkte i `.rprofile` som er et script som kjøres ved oppstart. For å redigere denne kan du skrive følgende i konsollen, og endre filen som åpnes. Det kan være du må installere pakken `usethis` først.

``` r
usethis::edit_r_profile()
```

I dokumentet som åpnes legger du til følgende, og lagrer dokumentet:

> Sys.setlocale("LC_ALL", "nb-NO.UTF-8")

### 4. Installere pakkene

I konsollen, kjør følgende kode for å installere alle pakker og sette opp mappestruktur:

``` r
source("https://raw.githubusercontent.com/helseprofil/backend/main/misc/R/install.R")
ProfileSystems()
```

Funksjonen gjør:

-   Oppretter mappen `C:/Users/Navn/helseprofil`. Denne er viktig da den brukes til å lagre midlertidige filer lokalt på den PCen som gjennomfører databehandling.
-   Oppretter R-prosjektet **produksjon**, som inneholder brukerfiler for de ulike delene av produksjonsapparatet.
-   Installerer alle nødvendige pakker, inkludert våre lokale pakker *norgeo*, *orgdata*, *qualcontrol*

Etter installasjon kan du finne mappen *produksjon* i filbehandleren (eller via RStudio) og åpne filen *produksjon.Rproj*. Når du først har åpnet den vil du finne den i prosjektlisten oppe til høyre i RStudio.

Dersom du ønsker å ha prosjektene et annet sted enn i helseprofilmappen kan du spesifisere argumentet `path`

``` r
source("https://raw.githubusercontent.com/helseprofil/backend/main/misc/R/install.R")
ProfileSystems(path = "Din/favoritt/mappe")
```

# For utviklere

> Du må først gjøre stegene over for å installere alle nødvendige R-pakker.

Skal du bidra til utvikling av databehandlingssystemet trenger du tilgang til alle relevante underprosjekter. Disse kan klones ved å bruke følgende funksjon. Dersom du setter getupdates = TRUE vil den også oppdatere prosjekter du allerede har installert.

``` r
source("https://raw.githubusercontent.com/helseprofil/backend/main/misc/R/install.R")
DevelopSystems(path = "Din/favoritt/mappe", getupdates = FALSE)
```

Dette installerer følgende prosjekter:

-   produksjon
-   backend
-   norgeo
-   orgdata
-   khfunctions
-   orgcube (foreløpig navn på pakke som skal erstatte khfunctions)
-   qualcontrol
-   manual

De ulike prosjektene inneholder ulike deler av produksjonsapparatet, og synkroniseres med GitHub.