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Filtre LowQual trop stringent #1

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tomgutman opened this issue Nov 3, 2020 · 0 comments

Collaborator

tomgutman commented Nov 3, 2020

Le score de TMB est assez bas dû au nombre de variants retenu.

Ce problème semble lié au filtre LowQual le filtre LowQual.

Dans le cas de Mutect2, il n'y a pas de score Qual, donc ce filtre,
équivaut à ne garder que les variants avec le tag "PASS".

il faudrait faire des test avec plusieurs jeux de données et évaluer l'impact du filtre LowQual.

Il serait également intéressant de comprendre comment est attribué le tag "PASS" dans les vcfs

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