diff --git a/tools.md b/tools.md
index 1a53d8ace..0ee383230 100644
--- a/tools.md
+++ b/tools.md
@@ -2,19 +2,24 @@
layout: default
---
-# European Galaxy tools (2801 and counting)
+# European Galaxy tools (3633 and counting)
Get Data
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-
-
-
-
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-
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@@ -26,6 +31,13 @@ layout: default
+
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@@ -38,8 +50,10 @@ layout: default
+
+
@@ -63,15 +77,19 @@ layout: default
Send Data
-
-
-
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Collection Operations
-
-
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@@ -87,58 +105,58 @@ layout: default
+
Expression Tools
-
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General Text Tools
Text Manipulation
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@@ -149,6 +167,7 @@ layout: default
+
@@ -163,14 +182,29 @@ layout: default
+Convert Formats
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Filter and Sort
-
+
+
-
-
+
+
@@ -180,8 +214,8 @@ layout: default
Join, Subtract and Group
-
+
@@ -191,44 +225,67 @@ layout: default
Genomic File Manipulation
Convert Formats
-
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@@ -241,27 +298,43 @@ layout: default
-
FASTA/FASTQ
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@@ -270,8 +343,6 @@ layout: default
-
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@@ -290,29 +361,35 @@ layout: default
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@@ -329,173 +406,170 @@ layout: default
-
-
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+
Quality Control
-
+
SAM/BAM
-
-
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BED
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VCF/BCF
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Nanopore
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@@ -509,11 +583,13 @@ layout: default
+
Common Genomics Tools
Operate on Genomic Intervals
+
-
+
@@ -526,6 +602,7 @@ layout: default
+
@@ -541,100 +618,96 @@ layout: default
Genomics Analysis
Annotation
-
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@@ -658,109 +731,172 @@ layout: default
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Multiple Alignments
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Assembly
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@@ -768,113 +904,138 @@ layout: default
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Mapping
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Variant Calling
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@@ -897,122 +1058,173 @@ layout: default
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Genome editing
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-RNA-Seq
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-RNA Analysis
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+RNA-Seq
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+RNA Analysis
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@@ -1028,7 +1240,6 @@ layout: default
-
@@ -1036,51 +1247,71 @@ layout: default
+
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@@ -1105,7 +1336,6 @@ layout: default
-
@@ -1116,37 +1346,46 @@ layout: default
-
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Peak Calling
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Epigenetics
-
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@@ -1162,6 +1401,11 @@ layout: default
+
+
+
+
+
@@ -1173,42 +1417,45 @@ layout: default
+
Phylogenetics
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@@ -1218,6 +1465,16 @@ layout: default
+
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+
Phenotype Association
@@ -1225,8 +1482,6 @@ layout: default
-
-
@@ -1237,72 +1492,101 @@ layout: default
Single-cell
-
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+Spatial Omics
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Genomics Toolkits
Picard
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+
@@ -1311,161 +1595,156 @@ layout: default
deepTools
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Gemini
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EMBOSS
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NCBI Blast
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@@ -1480,49 +1759,50 @@ layout: default
-
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HiCExplorer
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+
@@ -1538,23 +1818,28 @@ layout: default
+
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+
RAD-seq
+
+
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+
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+
-
-
-
-
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-
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@@ -1601,104 +1886,89 @@ layout: default
Metagenomics
Metagenomic Analysis
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+
@@ -1709,16 +1979,112 @@ layout: default
-
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Qiime
@@ -1890,6 +2256,7 @@ layout: default
DNA Metabarcoding
+
@@ -1897,245 +2264,264 @@ layout: default
-
-
+
+Data and Metadata Management
+
+
+
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+
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+
Virology
-
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Proteomics, Metabolomics, Chemistry
Proteomics
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@@ -2150,12 +2536,15 @@ layout: default
+
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+
@@ -2174,40 +2563,97 @@ layout: default
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Metabolomics
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@@ -2219,25 +2665,25 @@ layout: default
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@@ -2249,43 +2695,65 @@ layout: default
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ChemicalToolBox
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@@ -2293,11 +2761,8 @@ layout: default
-
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Statistics and Visualisation
Statistics
-
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+
Machine Learning
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Graph/Display Data
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@@ -2505,36 +3005,56 @@ layout: default
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+Muon Spectroscopy
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Miscellaneous Tools
Evolution
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Motif Tools
-
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Test Tools
-
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@@ -2543,19 +3063,6 @@ layout: default
-
-
-
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-
-
@@ -2566,13 +3073,15 @@ layout: default
-
+
GIS Data Handling
-
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+
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+
+
-
@@ -2581,12 +3090,25 @@ layout: default
+
+
+
+
+
Animal Detection on Acoustic Recordings
+Compute indicators for satellite remote sensing
+
+
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+
Regional Variation
@@ -2636,124 +3158,147 @@ layout: default
Climate Analysis
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Apollo
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Imaging
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+
Species abundance
@@ -2774,16 +3319,57 @@ layout: default
+Compute indicators for turnover boulders fields
+
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+Ecoregionalization
+
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+
+Indicators from geometric mean
+
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+Astronomy
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Interactive tools
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-
+
@@ -2800,6 +3386,15 @@ layout: default
+
+
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+
+
+
+
+
+
OBO Ontology manipulation
@@ -2819,7 +3414,6 @@ layout: default
HCA-Single Cell
-
@@ -2834,52 +3428,303 @@ layout: default
+
-SAM/BAM Manipulation
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-Metagenomic Analysis
-
-
-
-
-
-
-GATK Tools
-
Other Tools
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+
+
Biodiversity data exploration
-
-
+
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+
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+
Sanger Sequencing
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+
+
+Extract Features
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+QIIME 2
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+
+
+Metagenomic Analysis
+
+
+
+
+
+
+GATK Tools
+
+Data Managers
+
+XAS (X-ray Absorption Spectroscopy)
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+
+
+Built-in Converters
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