diff --git a/tools.md b/tools.md
index 1a53d8ace..35e0e1d6b 100644
--- a/tools.md
+++ b/tools.md
@@ -2,19 +2,18 @@
layout: default
---
-# European Galaxy tools (2801 and counting)
+# European Galaxy tools (3688 and counting)
Get Data
+
+
+
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+
-
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-
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@@ -38,8 +37,23 @@ layout: default
+
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@@ -63,17 +77,18 @@ layout: default
Send Data
-
-
-
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+
Collection Operations
-
-
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@@ -83,62 +98,63 @@ layout: default
+
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Expression Tools
-
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General Text Tools
Text Manipulation
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@@ -149,6 +165,9 @@ layout: default
+
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@@ -163,14 +182,30 @@ layout: default
+
+Convert Formats
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Filter and Sort
-
-
+
+
+
@@ -191,44 +226,68 @@ layout: default
Genomic File Manipulation
Convert Formats
-
-
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@@ -241,80 +300,105 @@ layout: default
-
FASTA/FASTQ
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-
-
@@ -329,7 +413,7 @@ layout: default
-
+
@@ -339,156 +423,147 @@ layout: default
Quality Control
-
+
SAM/BAM
-
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BED
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VCF/BCF
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Nanopore
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@@ -496,6 +571,7 @@ layout: default
+
@@ -509,23 +585,27 @@ layout: default
+
+
+
Common Genomics Tools
Operate on Genomic Intervals
-
+
+
-
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+
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-
-
Fetch Sequences / Alignments
+
@@ -541,113 +621,194 @@ layout: default
Genomics Analysis
Annotation
-
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-
@@ -657,48 +818,27 @@ layout: default
-
+
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-
-
-
-
-
-
-
-
Multiple Alignments
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-
-
-
+
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+
+
+
@@ -706,88 +846,132 @@ layout: default
+
+
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+
+
Assembly
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Mapping
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@@ -796,8 +980,6 @@ layout: default
-
-
@@ -805,67 +987,74 @@ layout: default
Variant Calling
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-
@@ -897,8 +1086,8 @@ layout: default
+
-
@@ -908,111 +1097,145 @@ layout: default
-
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-
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+
Genome editing
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RNA-Seq
RNA Analysis
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@@ -1036,21 +1259,23 @@ layout: default
+
+
-
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-
+
@@ -1073,7 +1298,7 @@ layout: default
-
+
@@ -1099,13 +1324,18 @@ layout: default
+
+
+
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+
-
@@ -1122,10 +1352,37 @@ layout: default
+
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+
Peak Calling
-
+
@@ -1140,13 +1397,13 @@ layout: default
+
-
-
+
+
+
Epigenetics
-
-
@@ -1173,42 +1430,41 @@ layout: default
+
+
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+
Phylogenetics
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@@ -1218,6 +1474,29 @@ layout: default
+
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+
Phenotype Association
@@ -1225,9 +1504,6 @@ layout: default
-
-
-
@@ -1237,235 +1513,272 @@ layout: default
Single-cell
-
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+Spatial Omics
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+
Genomics Toolkits
Picard
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deepTools
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Gemini
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EMBOSS
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NCBI Blast
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@@ -1480,49 +1793,44 @@ layout: default
-
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-
HiCExplorer
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@@ -1539,22 +1847,28 @@ layout: default
+
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+
RAD-seq
+
+
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+
+
+
-
-
-
-
-
-
-
+
@@ -1594,111 +1908,67 @@ layout: default
-
-
-
-
-
-
Metagenomics
-Metagenomic Analysis
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Metagenomics
+Metagenomic Analysis
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@@ -1709,16 +1979,147 @@ layout: default
-
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+
Qiime
@@ -1890,6 +2291,7 @@ layout: default
DNA Metabarcoding
+
@@ -1897,245 +2299,247 @@ layout: default
-
-
+
+Data and Metadata Management
+
+
+
+
+
+
+
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+
+
Virology
-
+
+
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-
-
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+
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+
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+
Proteomics, Metabolomics, Chemistry
Proteomics
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+
@@ -2148,14 +2552,20 @@ layout: default
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@@ -2166,6 +2576,7 @@ layout: default
+
@@ -2174,28 +2585,59 @@ layout: default
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+
Metabolomics
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-
@@ -2208,7 +2650,8 @@ layout: default
-
+
+
@@ -2219,7 +2662,7 @@ layout: default
-
+
@@ -2235,57 +2678,170 @@ layout: default
+
+
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ChemicalToolBox
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Statistics and Visualisation
Statistics
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Machine Learning
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Graph/Display Data
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+Muon Spectroscopy
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Miscellaneous Tools
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Motif Tools
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Test Tools
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GIS Data Handling
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Animal Detection on Acoustic Recordings
+Compute indicators for satellite remote sensing
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Regional Variation
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Climate Analysis
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Apollo
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Imaging
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Species abundance
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+Compute indicators for turnover boulders fields
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+Indicators from geometric mean
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Interactive tools
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OBO Ontology manipulation
@@ -2819,7 +3475,6 @@ layout: default
HCA-Single Cell
-
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+
-SAM/BAM Manipulation
-
-
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-
-
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-
-Metagenomic Analysis
-
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-GATK Tools
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Other Tools
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Biodiversity data exploration
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Sanger Sequencing
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+Extract Features
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+Data Managers
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+Metagenomic Analysis
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+GATK Tools
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+XAS (X-ray Absorption Spectroscopy)
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+Built-in Converters
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