From 2d62163bc5c19f4af21cd5730fb45e2e444233eb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Vedanth Date: Wed, 7 Aug 2024 17:02:04 +0530 Subject: [PATCH] ADD groot normalier tests & documentation --- CHANGELOG.md | 1 + README.md | 14 +++++-- argnorm/lib.py | 41 +++++++++++++++++-- argnorm/normalizers.py | 8 ++-- docs/api.md | 14 +++++-- docs/cli.md | 15 +++++++ examples/hamronized/groot.argannot.tsv | 13 ++++++ examples/hamronized/groot.card.tsv | 27 +++++++++++++ examples/hamronized/groot.groot-core-db.tsv | 7 ++++ examples/hamronized/groot.groot-db.tsv | 45 +++++++++++++++++++++ examples/hamronized/groot.resfinder.tsv | 29 +++++++++++++ examples/raw/groot.argannot.tsv | 12 ++++++ examples/raw/groot.card.tsv | 26 ++++++++++++ examples/raw/groot.groot-core-db.tsv | 6 +++ examples/raw/groot.groot-db.tsv | 44 ++++++++++++++++++++ examples/raw/groot.resfinder.tsv | 28 +++++++++++++ examples/scripts/get_groot_examples.py | 25 ++++++++++++ integration_tests/run_argnorm.py | 7 +++- outputs/hamronized/groot.argannot.tsv | 13 ++++++ outputs/hamronized/groot.card.tsv | 27 +++++++++++++ outputs/hamronized/groot.groot-core-db.tsv | 7 ++++ outputs/hamronized/groot.groot-db.tsv | 45 +++++++++++++++++++++ outputs/hamronized/groot.resfinder.tsv | 29 +++++++++++++ outputs/raw/groot.argannot.tsv | 13 ++++++ outputs/raw/groot.card.tsv | 27 +++++++++++++ outputs/raw/groot.groot-core-db.tsv | 7 ++++ outputs/raw/groot.groot-db.tsv | 45 +++++++++++++++++++++ outputs/raw/groot.resfinder.tsv | 29 +++++++++++++ tests/test_lib.py | 17 ++++++-- tests/test_normalizers.py | 27 ++++++++++++- 30 files changed, 626 insertions(+), 22 deletions(-) create mode 100644 examples/hamronized/groot.argannot.tsv create mode 100644 examples/hamronized/groot.card.tsv create mode 100644 examples/hamronized/groot.groot-core-db.tsv create mode 100644 examples/hamronized/groot.groot-db.tsv create mode 100644 examples/hamronized/groot.resfinder.tsv create mode 100644 examples/raw/groot.argannot.tsv create mode 100644 examples/raw/groot.card.tsv create mode 100644 examples/raw/groot.groot-core-db.tsv create mode 100644 examples/raw/groot.groot-db.tsv create mode 100644 examples/raw/groot.resfinder.tsv create mode 100644 examples/scripts/get_groot_examples.py create mode 100644 outputs/hamronized/groot.argannot.tsv create mode 100644 outputs/hamronized/groot.card.tsv create mode 100644 outputs/hamronized/groot.groot-core-db.tsv create mode 100644 outputs/hamronized/groot.groot-db.tsv create mode 100644 outputs/hamronized/groot.resfinder.tsv create mode 100644 outputs/raw/groot.argannot.tsv create mode 100644 outputs/raw/groot.card.tsv create mode 100644 outputs/raw/groot.groot-core-db.tsv create mode 100644 outputs/raw/groot.groot-db.tsv create mode 100644 outputs/raw/groot.resfinder.tsv diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index d217034..d4ca805 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -4,6 +4,7 @@ - argNorm has been included as an nf-core module: https://nf-co.re/modules/argnorm/ - Use atomic writing for outputs +- Support GROOT v1.1.2 ### New Features diff --git a/README.md b/README.md index 980b2c3..c5b73bd 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -43,6 +43,7 @@ The `resistance_to_drug_classes` column will contain ARO numbers of the broader - [ABRicate](https://github.com/tseemann/abricate) (v1.0.1) with NCBI (v3.6), ResFinder (v4.1.11), MEGARes (v2.0), ARG-ANNOT (v5), ResFinderFG (v2) - [ResFinder](https://bitbucket.org/genomicepidemiology/resfinder/src/master/) (v4.0) - [AMRFinderPlus](https://github.com/ncbi/amr) (v3.10.30) +- [GROOT](https://github.com/will-rowe/groot) (v1.1.2) ## Installation argNorm can be installed using pip: @@ -72,6 +73,7 @@ The only positional argument required is `tool` which can be: - `abricate` - `resfinder` - `amrfinderplus` +- `groot` The available options are: - `-h` or `--help`: shows available options and exits. @@ -82,6 +84,7 @@ The available options are: - DeepARG (`deeparg`) - MEGARes (`megares`) - ARG-ANNOT (`argannot`) + - `groot-core-db`, `groot-db`, `groot-resfinder`, `groot-argannot`, `groot-card` - `--hamronized`: use this if the input is hamronized by [hAMRonization](https://github.com/pha4ge/hAMRonization) - `-i` or `--input`: path to the annotation result - `-o` or `--output`: the file to save normalization results @@ -90,17 +93,20 @@ Use `argnorm -h` or `argnorm --help` to see available options. ```bash >argnorm -h -usage: argnorm [-h] [--db {sarg,ncbi,resfinder,deeparg,megares,argannot}] [--hamronized] [-i INPUT] [-o OUTPUT] {argsoap,abricate,deeparg,resfinder,amrfinderplus} +usage: argnorm [-h] + [--db {sarg,ncbi,resfinder,deeparg,megares,argannot,resfinderfg,groot-argannot,groot-resfinder,groot-db,groot-core-db,groot-card}] + [--hamronized] [-i INPUT] [-o OUTPUT] + {argsoap,abricate,deeparg,resfinder,amrfinderplus,groot} argNorm normalizes ARG annotation results from different tools and databases to the same ontology, namely ARO (Antibiotic Resistance Ontology). positional arguments: - {argsoap,abricate,deeparg,resfinder,amrfinderplus} + {argsoap,abricate,deeparg,resfinder,amrfinderplus,groot} The tool you used to do ARG annotation. -options: +optional arguments: -h, --help show this help message and exit - --db {sarg,ncbi,resfinder,deeparg,megares,argannot} + --db {sarg,ncbi,resfinder,deeparg,megares,argannot,resfinderfg,groot-argannot,groot-resfinder,groot-db,groot-core-db,groot-card} The database you used to do ARG annotation. --hamronized Use this if the input is hamronized (processed using the hAMRonization tool) -i INPUT, --input INPUT diff --git a/argnorm/lib.py b/argnorm/lib.py index 417d558..5fa0812 100644 --- a/argnorm/lib.py +++ b/argnorm/lib.py @@ -12,7 +12,24 @@ MAPPING_TABLE_ARO_COL = 'ARO' TARGET_ARO_COL = 'ARO' -DATABASES = ['argannot', 'deeparg', 'megares', 'ncbi', 'resfinder', 'resfinderfg', 'sarg'] +DATABASES = [ + 'argannot', + 'deeparg', + 'megares', + 'ncbi', + 'resfinder', + 'resfinderfg', + 'sarg', + 'groot', +] + +groot_ref_databases = [ + 'groot-db', + 'groot-core-db', + 'groot-argannot', + 'groot-resfinder', + 'groot-card', +] _ROOT = os.path.abspath(os.path.dirname(__file__)) _ARO = None @@ -62,13 +79,14 @@ def get_aro_mapping_table(database): aro_mapping_table['ARO'] = aro_mapping_table['ARO'].map(lambda a: f'ARO:{a}', na_action='ignore') return aro_mapping_table -def map_to_aro(gene, database): +def map_to_aro(gene, database, groot_ref_db=None): """ Description: Gets ARO mapping for a specific gene in a database. Parameters: gene (str): The original ID of the gene as mentioned in source database. - database (str): name of database. Can be: argannot, deeparg, megares, ncbi, resfinderfg and sarg + database (str): name of database. Can be: argannot, deeparg, megares, ncbi, resfinderfg, sarg, and groot + groot_ref_db (str, optional): name of reference db used by groot. Can be groot-argannot, groot-resfinder, groot-card, groot-core-db, or groot-db Returns: ARO[result] (pronto.term.Term): A pronto term with the ARO number of input gene. ARO number can be accessed using 'id' attribute and gene name can be accessed using 'name' attribute. @@ -76,10 +94,25 @@ def map_to_aro(gene, database): If ARO mapping is doesn't exist, None is returned. """ - if database not in ['ncbi', 'deeparg', 'resfinder', 'sarg', 'megares', 'argannot']: + if database not in DATABASES: raise Exception(f'{database} is not a supported database.') + if 'groot' in database and not groot_ref_db in groot_ref_databases: + raise Exception(f'{groot_ref_db} is not a valid groot reference database') mapping_table = get_aro_mapping_table(database) + + # Preprocess input gene & mapping table original ids if groot is being used + if 'groot' in database: + if groot_ref_db == 'groot-argannot': + gene = gene.split('~~~')[-1] + mapping_table.index = mapping_table.index.map(lambda x: ':'.join(str(x).split(':')[1:3])) + if groot_ref_db == 'groot-card': + gene = gene.split('.')[0] + if groot_ref_db in ['groot-db', 'groot-core-db']: + if 'card' in gene.lower(): + gene = gene.split('|')[-1] + else: + gene = gene.split('__')[1] try: result = mapping_table.loc[gene, 'ARO'] diff --git a/argnorm/normalizers.py b/argnorm/normalizers.py index 97c36b0..fa07f80 100644 --- a/argnorm/normalizers.py +++ b/argnorm/normalizers.py @@ -182,13 +182,13 @@ def get_input_ids(self, itable): col = 0 if self.database == 'groot-argannot': - return itable[col].map(lambda x: x.split('~~~')[-1]) - if self.database == 'groot-resfinder': - return itable[col] + return itable[col].map(lambda x: x.split('~~~')[-1]) if self.database == 'groot-card': return itable[col].map(lambda x: x.split('.')[0]) - if self.database == 'groot-db' or self.database == 'groot-core-db': + if self.database in ['groot-db', 'groot-core-db']: return itable[col].map(self.preprocess_groot_db_inputs) + + return itable[col] def preprocess_ref_genes(self, ref_genes): if self.database == 'groot-argannot': diff --git a/docs/api.md b/docs/api.md index cd728e2..ef0533d 100644 --- a/docs/api.md +++ b/docs/api.md @@ -11,6 +11,7 @@ A list of supported databases. #### Parameters * gene (str): The original ID of the gene as mentioned in source database. * database (str): name of database. Can be: argannot, deeparg, megares, ncbi, resfinderfg and sarg +* groot_ref_db (str, optional): name of reference database used by groot. Can be: groot-argannot, groot-resfinder, groot-card, groot-db, or groot-core-db #### Returns * pronto.term.Term: A pronto term with the ARO number of input gene. ARO number can be accessed using 'id' attribute and gene name can be accessed using 'name' attribute. @@ -20,15 +21,19 @@ A list of supported databases. #### Example ``` -# Mapping the `ARR-2_1_HQ141279` gene from the `resfinder` database to the ARO from argnorm.lib import map_to_aro + +# Mapping the `ARR-2_1_HQ141279` gene from the `resfinder` database to the ARO print(map_to_aro('ARR-2_1_HQ141279', 'resfinder')) + +# Mapping the `argannot~~~(Bla)cfxA4~~~AY769933:1-966` gene in `groot` using the `groot-argannot` reference database +print(map_to_aro('argannot~~~(Bla)cfxA4~~~AY769933:1-966', 'groot', 'groot-argannot')) ``` ### argnorm.lib.get_aro_mapping_table(): gets ARO mapping table for a specific database #### Parameters -* database (str): name of database. Can be: argannot, deeparg, megares, ncbi, resfinderfg and sarg +* database (str): name of database. Can be: argannot, deeparg, megares, ncbi, resfinderfg, sarg or groot #### Returns * pandas.DataFrame: A pandas dataframe with ARGs mapped to AROs. @@ -81,10 +86,10 @@ print(drugs_to_drug_classes(['ARO:0000030', 'ARO:0000051', 'ARO:0000069', 'ARO:3 Normalizers classes for specific tools which normalize ARG annotation outputs. Same functionality as CLI. All normalizers have 2 parameters: -* database (str): name of database. Can be: argannot, deeparg, megares, ncbi, resfinderfg and sarg. +* database (str): name of database. Can be: argannot, deeparg, megares, ncbi, resfinderfg, sarg, groot-db, groot-core-db, groot-card, groot-argannot, and groot-resfinder. * is_hamronized (bool, False by default): whether or not the ARG annotation output has been processed by the hamronization package. -> Note: the database parameter only needs to be specified for AbricateNormalizer. ncbi, deeparg, resfinder, sarg, megares, argannot, resfinderfg are the supported databases. +> Note: the database parameter only needs to be specified for AbricateNormalizer and GrootNormalizer. ncbi, deeparg, resfinder, sarg, megares, argannot, resfinderfg are the supported databases for AbricateNormalizer and groot-db, groot-core-db, groot-argannot, groot-resfinder, and groot-card are the supported databases for GrootNormalizer. Available normalizers: * argnorm.normalizers.ARGSOAPNormalizer @@ -92,6 +97,7 @@ Available normalizers: * argnorm.normalizers.ResFinderNormalizer * argnorm.normalizers.AMRFinderPlusNormalizer * argnorm.normalizers.AbricateNormalizer +* argnorm.normalizers.GrootNormalizer ### Methods diff --git a/docs/cli.md b/docs/cli.md index a8f1f44..429935a 100644 --- a/docs/cli.md +++ b/docs/cli.md @@ -147,4 +147,19 @@ argnorm resfinder -i examples/raw/resfinder.resfinder.reads.tsv -o outputs/raw/r argnorm amrfinderplus -i examples/raw/amrfinderplus.ncbi.orfs.tsv -o outputs/raw/amrfinderplus.ncbi.orfs.tsv argnorm amrfinderplus -i examples/hamronized/amrfinderplus.ncbi.orfs.tsv -o outputs/hamronized/amrfinderplus.ncbi.orfs.tsv +``` + +### GROOT +```bash +argnorm groot -i examples/raw/groot.argannot.tsv -o outputs/raw/groot.argannot.tsv --db groot-argannot +argnorm groot -i examples/raw/groot.resfinder.tsv -o outputs/raw/groot.resfinder.tsv --db groot-resfinder +argnorm groot -i examples/raw/groot.card.tsv -o outputs/raw/groot.card.tsv --db groot-card +argnorm groot -i examples/raw/groot.groot-db.tsv -o outputs/raw/groot.groot-db.tsv --db groot-db +argnorm groot -i examples/raw/groot.groot-core-db.tsv -o ouptuts/raw/groot.groot-core-db.tsv --db groot-core-db + +argnorm groot -i examples/hamronized/groot.argannot.tsv -o outputs/hamronized/groot.argannot.tsv --db groot-argannot --hamronized +argnorm groot -i examples/hamronized/groot.resfinder.tsv -o outputs/hamronized/groot.resfinder.tsv --db groot-resfinder --hamronized +argnorm groot -i examples/hamronized/groot.card.tsv -o outputs/hamronized/groot.card.tsv --db groot-card --hamronized +argnorm groot -i examples/hamronized/groot.groot-db.tsv -o outputs/hamronized/groot.groot-db.tsv --db groot-db --hamronized +argnorm groot -i examples/hamronized/groot.groot-core-db.tsv -o outputs/hamronized/groot.groot-core-db.tsv --db groot-core-db --hamronized ``` \ No newline at end of file diff --git a/examples/hamronized/groot.argannot.tsv b/examples/hamronized/groot.argannot.tsv new file mode 100644 index 0000000..7b21904 --- /dev/null +++ b/examples/hamronized/groot.argannot.tsv @@ -0,0 +1,13 @@ +input_file_name gene_symbol gene_name reference_database_name reference_database_version reference_accession analysis_software_name analysis_software_version genetic_variation_type antimicrobial_agent coverage_percentage coverage_depth coverage_ratio drug_class input_gene_length input_gene_start input_gene_stop input_protein_length input_protein_start input_protein_stop input_sequence_id nucleotide_mutation nucleotide_mutation_interpretation predicted_phenotype predicted_phenotype_confidence_level amino_acid_mutation amino_acid_mutation_interpretation reference_gene_length reference_gene_start reference_gene_stop reference_protein_length reference_protein_start reference_protein_stop resistance_mechanism strand_orientation sequence_identity +groot.argannot.tsv argannot~~~(Bla)cfiA9~~~AB087234:1-750 argannot~~~(Bla)cfiA9~~~AB087234:1-750 groot v argannot~~~(Bla)cfiA9~~~AB087234:1-750 groot v gene_presence_detected 79.0 750 +groot.argannot.tsv argannot~~~(Tet)Tet-40~~~AM419751:14211-15431 argannot~~~(Tet)Tet-40~~~AM419751:14211-15431 groot v argannot~~~(Tet)Tet-40~~~AM419751:14211-15431 groot v gene_presence_detected 315.0 1221 +groot.argannot.tsv argannot~~~(MLS)ErmF~~~M14730:241-1041 argannot~~~(MLS)ErmF~~~M14730:241-1041 groot v argannot~~~(MLS)ErmF~~~M14730:241-1041 groot v gene_presence_detected 321.0 801 +groot.argannot.tsv argannot~~~(AGly)Aph7~~~GG774704:686456-687373 argannot~~~(AGly)Aph7~~~GG774704:686456-687373 groot v argannot~~~(AGly)Aph7~~~GG774704:686456-687373 groot v gene_presence_detected 254.0 918 +groot.argannot.tsv argannot~~~(Bla)cfxA2~~~AF504910:1-966 argannot~~~(Bla)cfxA2~~~AF504910:1-966 groot v argannot~~~(Bla)cfxA2~~~AF504910:1-966 groot v gene_presence_detected 338.0 966 +groot.argannot.tsv argannot~~~(MLS)ErmB~~~M11180:714-1451 argannot~~~(MLS)ErmB~~~M11180:714-1451 groot v argannot~~~(MLS)ErmB~~~M11180:714-1451 groot v gene_presence_detected 178.0 738 +groot.argannot.tsv argannot~~~(Tet)TetQ~~~Z21523:362-2287 argannot~~~(Tet)TetQ~~~Z21523:362-2287 groot v argannot~~~(Tet)TetQ~~~Z21523:362-2287 groot v gene_presence_detected 539.0 1974 +groot.argannot.tsv argannot~~~(Bla)cfxA5~~~AY769934:28-993 argannot~~~(Bla)cfxA5~~~AY769934:28-993 groot v argannot~~~(Bla)cfxA5~~~AY769934:28-993 groot v gene_presence_detected 449.0 966 +groot.argannot.tsv argannot~~~(Bla)OXA-347~~~JN086160:1583-2407 argannot~~~(Bla)OXA-347~~~JN086160:1583-2407 groot v argannot~~~(Bla)OXA-347~~~JN086160:1583-2407 groot v gene_presence_detected 191.0 825 +groot.argannot.tsv argannot~~~(Tet)TetW~~~AJ222769:3687-5606 argannot~~~(Tet)TetW~~~AJ222769:3687-5606 groot v argannot~~~(Tet)TetW~~~AJ222769:3687-5606 groot v gene_presence_detected 203.0 1920 +groot.argannot.tsv argannot~~~(Tet)Tet-32~~~DQ647324:181-2100 argannot~~~(Tet)Tet-32~~~DQ647324:181-2100 groot v argannot~~~(Tet)Tet-32~~~DQ647324:181-2100 groot v gene_presence_detected 148.0 1920 +groot.argannot.tsv argannot~~~(Bla)cfxA4~~~AY769933:1-966 argannot~~~(Bla)cfxA4~~~AY769933:1-966 groot v argannot~~~(Bla)cfxA4~~~AY769933:1-966 groot v gene_presence_detected 450.0 966 diff --git a/examples/hamronized/groot.card.tsv b/examples/hamronized/groot.card.tsv new file mode 100644 index 0000000..a5858a3 --- /dev/null +++ b/examples/hamronized/groot.card.tsv @@ -0,0 +1,27 @@ +input_file_name gene_symbol gene_name reference_database_name reference_database_version reference_accession analysis_software_name analysis_software_version genetic_variation_type antimicrobial_agent coverage_percentage coverage_depth coverage_ratio drug_class input_gene_length input_gene_start input_gene_stop input_protein_length input_protein_start input_protein_stop input_sequence_id nucleotide_mutation nucleotide_mutation_interpretation predicted_phenotype predicted_phenotype_confidence_level amino_acid_mutation amino_acid_mutation_interpretation reference_gene_length reference_gene_start reference_gene_stop reference_protein_length reference_protein_start reference_protein_stop resistance_mechanism strand_orientation sequence_identity +groot.card.tsv Mef(En2) Mef(En2).3004659.AF251288 groot v Mef(En2).3004659.AF251288.1.794-2000.5539 groot v gene_presence_detected 135.0 1206 +groot.card.tsv rrsB rrsB.3003410.U00096 groot v rrsB.3003410.U00096.4166659-4168200.3242 groot v gene_presence_detected 95.0 1542 +groot.card.tsv rrsB rrsB.3003396.U00096 groot v rrsB.3003396.U00096.4166659-4168200.3233 groot v gene_presence_detected 95.0 1542 +groot.card.tsv Escherichia_coli_16S Escherichia_coli_16S.3003223.U00096 groot v Escherichia_coli_16S.3003223.U00096.4166659-4168200.3234 groot v gene_presence_detected 95.0 1542 +groot.card.tsv ErmB ErmB.3000375.AF242872 groot v ErmB.3000375.AF242872.1.2131-2878.5430 groot v gene_presence_detected 194.0 747 +groot.card.tsv rrnB rrnB.3003411.U00096 groot v rrnB.3003411.U00096.4166659-4168200.3236 groot v gene_presence_detected 95.0 1542 +groot.card.tsv rrsB rrsB.3003402.U00096 groot v rrsB.3003402.U00096.4166659-4168200.3235 groot v gene_presence_detected 95.0 1542 +groot.card.tsv rrnB rrnB.3003406.U00096 groot v rrnB.3003406.U00096.4166659-4168200.3237 groot v gene_presence_detected 95.0 1542 +groot.card.tsv tet(40) tet(40).3000567.AM419751 groot v tet(40).3000567.AM419751.14210-15431.5150 groot v gene_presence_detected 315.0 1221 +groot.card.tsv aadS aadS.3004683.M72415 groot v aadS.3004683.M72415.1.1120-1984.5568 groot v gene_presence_detected 199.0 864 +groot.card.tsv CfxA4 CfxA4.3003005.AY769933 groot v CfxA4.3003005.AY769933.0-966.1592 groot v gene_presence_detected 450.0 966 +groot.card.tsv rrnB rrnB.3003377.U00096 groot v rrnB.3003377.U00096.4166659-4168200.3239 groot v gene_presence_detected 95.0 1542 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-0,0 +1,25 @@ +import subprocess + +# Following this documentation: https://groot-documentation.readthedocs.io/en/latest/using-groot.html#an-example + +def get_input_data(): + subprocess.run(""" + echo Getting sample fastq file + fastq-dump SRR4454613 + """, shell=True) + +def get_groot_example(db, fastq): + command = f""" + echo generating GROOT {db} db example + mkdir {db} && cd {db} + groot get -d {db} + groot index -m {db}.90 -i grootIndex -w 100 -p 8 + groot align -i grootIndex -f {fastq} -p 8 | groot report -c 0.95 + cd .. && rm -rf {db} + """ + + subprocess.check_call(command, shell=True) + +get_input_data() +for db in ['resfinder', 'arg-annot', 'groot-db', 'groot-core-db', 'card']: + get_groot_example(db, '../SRR4454613.fastq') \ No newline at end of file diff --git a/integration_tests/run_argnorm.py b/integration_tests/run_argnorm.py index 207bf0c..ef0aff5 100644 --- a/integration_tests/run_argnorm.py +++ b/integration_tests/run_argnorm.py @@ -16,7 +16,7 @@ def run_cli_test(tool, file, folder, db=None): if folder == 'hamronized': command.append('--hamronized') - if tool == 'abricate': + if tool in ['abricate', 'groot']: command += ['--db', db] subprocess.check_call(command) @@ -33,6 +33,11 @@ def run_cli_test(tool, file, folder, db=None): run_cli_test('amrfinderplus', 'amrfinderplus.ncbi.orfs.tsv', folder) run_cli_test('resfinder', 'resfinder.resfinder.reads.tsv', folder) run_cli_test('resfinder', 'resfinder.resfinder.orfs.tsv', folder) + for db in ['argannot', 'card', 'groot-core-db', 'groot-db', 'resfinder']: + database = db + if not 'groot' in db: + database = f'groot-{db}' + run_cli_test('groot', f'groot.{db}.tsv', folder, database) for db in ['ARGANNOT', 'argannot', 'MEGAres', 'megares', 'ncbi', 'resfinder', 'resfinderfg']: file = f'abricate.{db.lower()}.tsv' diff --git a/outputs/hamronized/groot.argannot.tsv b/outputs/hamronized/groot.argannot.tsv new file mode 100644 index 0000000..2ac3d92 --- /dev/null +++ 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["gi:447201629:ref:WP_001278885.1:|FEATURES|cob(I)alamin_adenolsyltransferase|unclassified|cob(I)alamin_adenolsyltransferase", "deeparg"], + ["argannot~~~(Bla)cfxA4~~~AY769933:1-966", 'groot', 'groot-argannot'], + ["ErmF.3000498.M17124.1181-1982.593", 'groot', 'groot-card'], + ["groot-db_RESFINDER__tet(W)_1_DQ060146", 'groot', 'groot-db'] ] ARO = lib.get_aro_ontology() @@ -21,13 +24,19 @@ def test_map_to_aro(): ARO.get_term('ARO:3000318'), ARO.get_term('ARO:3000249'), None, - ARO.get_term('ARO:0010004') + ARO.get_term('ARO:0010004'), + ARO.get_term('ARO:3003005'), + ARO.get_term('ARO:3000498'), + ARO.get_term('ARO:3000194') ] for t, e in zip(test_cases, expected_output): - assert map_to_aro(t[0], t[1]) == e + if t[1] == 'groot': + assert map_to_aro(t[0], t[1], t[2]) == e + else: + assert map_to_aro(t[0], t[1]) == e -@pytest.mark.parametrize('database', ['argannot', 'megares', 'ncbi', 'resfinder', 'resfinderfg']) +@pytest.mark.parametrize('database', ['argannot', 'megares', 'ncbi', 'resfinder', 'resfinderfg', 'groot']) def test_get_aro_mapping_table_smoke(database): df = get_aro_mapping_table(database) assert len(df) > 0 diff --git a/tests/test_normalizers.py b/tests/test_normalizers.py index 31026cb..f3ed5ea 100644 --- a/tests/test_normalizers.py +++ b/tests/test_normalizers.py @@ -85,4 +85,29 @@ def test_amrfinderplus_normalizer(hamronized): normed = get_normed(normalizer, input_file) golden_file = pd.read_csv(os.path.join('./outputs/', folder, f'amrfinderplus.ncbi.orfs.tsv'), sep='\t') - pd.testing.assert_frame_equal(normed, golden_file) \ No newline at end of file + pd.testing.assert_frame_equal(normed, golden_file) + +@pytest.mark.parametrize('database', ['argannot', 'resfinder', 'card', 'groot-db', 'groot-core-db']) +def test_groot_normalizer_raw(database): + if 'groot' not in database: + normalizer = argnorm.GrootNormalizer(database=f'groot-{database}', is_hamronized=False) + else: + normalizer = argnorm.GrootNormalizer(database=f'groot-db', is_hamronized=False) + + input_path = f'./examples/raw/groot.{database}.tsv' + normed = get_normed(normalizer, input_path) + normed.columns = normed.columns.astype(str) + golden_file = pd.read_csv(os.path.join('./outputs/', 'raw', f'groot.{database}.tsv'), sep='\t') + pd.testing.assert_frame_equal(normed, golden_file) + +@pytest.mark.parametrize('database', ['argannot', 'resfinder', 'card', 'groot-db', 'groot-core-db']) +def test_groot_normalizer_raw(database): + if 'groot' not in database: + normalizer = argnorm.GrootNormalizer(database=f'groot-{database}', is_hamronized=True) + else: + normalizer = argnorm.GrootNormalizer(database=f'groot-db', is_hamronized=True) + input_path = f'./examples/hamronized/groot.{database}.tsv' + normed = get_normed(normalizer, input_path) + normed.columns = normed.columns.astype(str) + golden_file = pd.read_csv(os.path.join('./outputs/', 'hamronized', f'groot.{database}.tsv'), sep='\t') + pd.testing.assert_frame_equal(normed, golden_file)